脑纤维束可视化软件教程-TrackVis

简介

TrackVis是一款多平台DTI数据处理软件，可以在Windows系统或Linux系统下使用，可用于计算计算纤维束走形和显示非常方便的软件。该软件由两个工具箱构成，Diffusion Toolkit用于计算DTI或HARDI数据以及常用的各参数，如ADC、FA、本征值等。TrackVis用于对计算出的神经纤维束显示和分析，可以手工画ROI或VOI也可以通过导入ROI或VOI进行纤维束追踪，并可分析通过ROI的纤维束数目及长度等信息。是目前比较好用的一款DTI数据处理软件，上手比较容易。（来自知乎）

软件下载与安装

软件的下载和安装需要在官网注册并申请激活码，在官网注册后会收到一封邮件，其中包括了激活码和下载链接，下载链接的有效期只有两周，激活码是长期可用的。

注册与下载

官网地址：https://www.trackvis.org/

 

安装与激活

等收到了邮件之后就可以进行下一步的安装与激活了。注意查看你的邮箱，找到一封“TrackVis download”的邮件，这里包含了一个你下载地址和激活码，还有你的账号激活链接,邮件提示不要分享这封邮件。

点击链接前往下载准备进一步安装，根据需要选择对应版本的软件包。

下载完成后双击.exe文件进入安装页面。

点击完成后会自动打开软件进入主界面，现在进行激活操作。这个阶段需要去收到的邮件中拷贝激活码。

粘贴好信息后点击OK 即可，当你进入主页面的时候就证明安装和激活成功了。

软件使用教程

软件界面介绍

主界面

ROI

ROI就是用于提取穿过的track,使用的类型有多种，可以根据实际情况进行选择和使用。页面右侧列表会显示所有的ROI，选中后右键可以自定义在主视图中的显示和隐藏。

类型介绍

• Sphere

以当前坐标为球心生成一个球形的ROI。

• Disk

以当前坐标为圆心生成一个圆片。

• Hand Draw

自由选择ROI的体素，形状自由。可以是规则形状，也可以是不规则。对于较大区域，可以使用手绘封闭区间然后填充。注意，手绘ROI也是片状的。

• From Nifti/Analyze Image File

从本地读取现成的ROI进行使用。

• From Scene

从本地保存好的场景文件中读取。也就是tractVis中保存出的ROI在另一个tractVis中读取进来。

Track

track就是提取、加载纤维束，页面右侧列表会显示所有的纤维束，选中后右键可以自定义在主视图中的显示和隐藏。创建方式和ROI类似。

常用功能介绍

加载文件

创建ROI

根据已有ROI创建track

多个ROI组合定位tarck

当一个ROI定位的tract不准确时，往往需要多个ROI组合进行定位。比如我们只想要这个位置的胼胝体，但是很明显里面还有一些不需要的track存在。这个时候我们对ROI 进行移动位置和改变大小，比如这样：

当以上步骤不满足我们的需求时候，我们可以添加新的ROI来进行去除操作（我们选择新建ROI），步骤如下：

保存track

保存当前所有工作

其他注意事项

一定要随时保存自己的工作场景，tractVis非常容易卡死闪退，尤其是导入Nifti格式的ROI。所以为避免工作丢失，一定要随时保存场景文件。