R语言小白来求助各位!!!

求助啊各位大神 哭 伤心 大哭 不开心 流泪 桑心哭 伤心 大哭 不开心 流泪 桑心哭 伤心 大哭 不开心 流泪

老师让我用Decipher包酶切一段fasta序列,用三个酶切,然后找出目标片段的长度(一头是酶1一头是酶3和一头是酶2一头是酶3的,然后他给了我思路,我自己编写了前半段,总报错,后半段完全没思路。各位大神能帮我看看吗?感觉要被锤了崩溃 抓狂 疲惫 苦逼)
崩溃 抓狂 疲惫 苦逼
打开文件
seq<-’’
i<-0
while (读一行){
if (这一行以>起始){
if(seq不为空)
#print(seq)
处理序列(酶切,保存结果)
i<-i+1
if (i 被100整除){print(i)}
seq<-’’
序列名<-行
#print(序列名)
}else{
paste(行,seq)
}
}
处理序列(酶切,保存结果)

关闭文件
data frame
mei pos
ECOR 345
NehI 342

result[[序列名]]<-data frame

cutlength<-
for (序列名){
x<-result[[序列名]]
x<-x[order(xKaTeX parse error: Expected '}', got 'EOF' at end of input: …]){ if( ((xmei[i]==mei1|xKaTeX parse error: Expected 'EOF', got '&' at position 14: mei[i]==mei2)&̲ xmei[i+1]==mei3)|
((x m e i [ i + 1 ] = = m e i 1 ∣ x mei[i+1]==mei1|x mei[i+1]==mei1xmei[i+1]==mei2)& xKaTeX parse error: Expected '}', got 'EOF' at end of input: …mei3)){ xpos[i+1]-x$pos[i]+1
}

}
}
这是他的思路。

library(DECIPHER)
data(RESTRICTION_ENZYMES)
RESTRICTION_ENZYMES
#library(Biostrings)
#seq<-readDNAStringSet(“C:/Users/pc-1/Desktop/COX1.fasta”)
sites <- RESTRICTION_ENZYMES[c(“XbaI”, “NheI”, “EcoRI”)]
con <-file(“C:/Users/pc-1/Desktop/COX1.fasta”)
sites
dna<-seq
i<-0
pos<-list()
while (readLines(con)){
if(str_detect(seq,">",Negate = FALSE )){
if(is.null(seq[[i]])){
print(seq[[i]])
}

  d <- DigestDNA(sites, dna,strand = "both",type = "position")
  i<-i+1
  if(i%%100 =0){
    print(seq)
  }

}
else{
paste(str_detect(seq[i],sep = “/n”))
}
ext <- (d[[i]]$top)
pos[[i]] = ext
}
close(con)
这是我写的部分。
求助哭 伤心 大哭 不开心 流泪 桑心

Alt

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如何插入一段漂亮的代码片

博客设置页面,选择一款你喜欢的代码片高亮样式,下面展示同样高亮的 代码片.

// An highlighted block
var foo = 'bar';

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  • 项目
    • 项目
      • 项目
  1. 项目1
  2. 项目2
  3. 项目3
  • 计划任务
  • 完成任务

创建一个表格

一个简单的表格是这么创建的:

项目Value
电脑$1600
手机$12
导管$1

设定内容居中、居左、居右

使用:---------:居中
使用:----------居左
使用----------:居右

第一列第二列第三列
第一列文本居中第二列文本居右第三列文本居左

SmartyPants

SmartyPants将ASCII标点字符转换为“智能”印刷标点HTML实体。例如:

TYPEASCIIHTML
Single backticks'Isn't this fun?'‘Isn’t this fun?’
Quotes"Isn't this fun?"“Isn’t this fun?”
Dashes-- is en-dash, --- is em-dash– is en-dash, — is em-dash

创建一个自定义列表

Markdown
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Authors
John
Luke

如何创建一个注脚

一个具有注脚的文本。1

注释也是必不可少的

Markdown将文本转换为 HTML

KaTeX数学公式

您可以使用渲染LaTeX数学表达式 KaTeX:

Gamma公式展示 Γ ( n ) = ( n − 1 ) ! ∀ n ∈ N \Gamma(n) = (n-1)!\quad\forall n\in\mathbb N Γ(n)=(n1)!nN 是通过欧拉积分

Γ ( z ) = ∫ 0 ∞ t z − 1 e − t d t   . \Gamma(z) = \int_0^\infty t^{z-1}e^{-t}dt\,. Γ(z)=0tz1etdt.

你可以找到更多关于的信息 LaTeX 数学表达式here.

新的甘特图功能,丰富你的文章

Mon 06 Mon 13 Mon 20 已完成 进行中 计划一 计划二 现有任务 Adding GANTT diagram functionality to mermaid
  • 关于 甘特图 语法,参考 这儿,

UML 图表

可以使用UML图表进行渲染。 Mermaid. 例如下面产生的一个序列图:

张三 李四 王五 你好!李四, 最近怎么样? 你最近怎么样,王五? 我很好,谢谢! 我很好,谢谢! 李四想了很长时间, 文字太长了 不适合放在一行. 打量着王五... 很好... 王五, 你怎么样? 张三 李四 王五

这将产生一个流程图。:

链接
长方形
圆角长方形
菱形
  • 关于 Mermaid 语法,参考 这儿,

FLowchart流程图

我们依旧会支持flowchart的流程图:

Created with Raphaël 2.2.0 开始 我的操作 确认? 结束 yes no
  • 关于 Flowchart流程图 语法,参考 这儿.

导出与导入

导出

如果你想尝试使用此编辑器, 你可以在此篇文章任意编辑。当你完成了一篇文章的写作, 在上方工具栏找到 文章导出 ,生成一个.md文件或者.html文件进行本地保存。

导入

如果你想加载一篇你写过的.md文件,在上方工具栏可以选择导入功能进行对应扩展名的文件导入,
继续你的创作。


  1. 注脚的解释 ↩︎

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