要奋斗的人儿~-CSDN博客

原创临床特征 + 影像组学特征筛选并利用逻辑回归进行二分类

任务描述：临床特征和影像组学特征保存在 excel 文件中，需要进行特征筛选，然后再将筛选出来的特征利用逻辑回归进行二分类。有如下几个问题和需求： 1. excel 中的特征都是以 str 的形式写入表格中的，读取的时候要转换成数字形式；特征之间的尺度不一样，读取出来之后需要按列进行归一化；2. excel 中保存的标签为符号格式：IA, MIA, AAH,...

2021-11-23 14:09:35 4838 1

原创影像组学特征提取 — 原始图像为dicom格式，mask图像为nrrd格式

原始图像为dicom格式，mask图像为nrrd格式，单个subject影像组学特征提取

2021-11-23 10:37:50 4135

import osdef count_file_number(filepath, filetype): count = 0 for root, dirname, filenames in os.walk(filepath): for filename in filenames: if os.path.splitext(filename)[1] == filetype: count += 1 return .

2021-11-02 17:11:45 464

原创将dicom文件转换为nrrd格式并保存，python

import SimpleITK as sitkimport osdef dcmseries2nrrd(filepath, subID): datapath = os.path.join(filepath, subID) dcms_name = sitk.ImageSeriesReader.GetGDCMSeriesFileNames(datapath) dcms_read = sitk.ImageSeriesReader() dcms_read.SetFileNa.

2021-11-02 17:02:22 2426

原创 Python 多元线性回归，留一法测试回归效果

任务描述现在想预测一个项目的 profit，影响 profit 的变量主要有以下三个：R & D profitAdministrationMarketing Spend数据信息这些数据保存在excel表格里格式如下（部分数据）：数据链接????：Multiple-Linear-Regression dataset借助散点图来看一下每种因素与 profit 的相关趋势从散点图中可以看出，R&D spend 以及 marketing spen.

2021-08-17 14:50:51 1588 1

原创 python 读取 excel 为矩阵，跳过标题行，按列归一化

如下图所示的 excel 文件，想跳过标题行，读取数据矩阵：代码如下：import numpy as npimport xlrdfrom sklearn import preprocessingdef excel_to_matrix(path, data_norm=True): table = xlrd.open_workbook(path).sheets()[0] row = table.nrows col = table.ncols datama.

2021-08-17 11:14:58 2039

原创 Python 从 train_log.txt 中画 loss 曲线，多epoch多batch

需要解决的问题：1. 逐行读取 txt 文件中的训练记录2. 提取每行中的 loss、epoch 数据信息3. 针对每个 epoch 的多个 batch 计算一个 mean_losstrain_log 中的数据信息和格式：Python 代码import reimport matplotlib.pyplot as pltimport os.path as ospfullpath = osp.abspath('./train_log.txt')filedir,

2021-08-13 10:58:03 1808

原创三门问题，概率推导 + Python模拟

问题描述三门问题，亦称为蒙提霍尔问题（Monty Hall problem），出自美国的电视游戏节目Let's Make a Deal。问题名字来自该节目的主持人蒙提·霍尔（Monty Hall）。参赛者会看见三扇关闭了的门，其中一扇的后面有一辆汽车，选中后面有车的那扇门可赢得该汽车，另外两扇门后面则各藏有一只山羊。当参赛者选定了一扇门，但未去开启它的时候，节目主持人开启剩下两扇门的其中一扇，露出其中一只山羊。主持人其后会问参赛者要不要换另一扇仍然关上的门。问题是：换另一扇门是否会增加参...

2021-08-11 21:12:06 1221

原创分类性能评估指标 — 理论篇 — TP、TN、FP、FN，precision、recall、F1、PR曲线，sensitivity、specificity，FPR、TPR、ROC曲线

1. 混淆矩阵：TP，TN，FP，FNTP：true positive，实际为正例，预测为正例TN：true negative，实际为负例，预测为负例FP：false positive，实际为负例，预测为正例FN：false negative，实际为正例，预测为负例2. precision, recall，F1，PR曲线precision：精确率、查准率，预测为正例的样本中，实际为正例的样本所占的...

2021-08-11 18:00:27 2124

原创 Python 将多列数据写入 csv，并写入标题行

# 1. ROC 计算产生 fpr, tpr, thresholdfpr, tpr, thresholds = roc_curve(label, pred)# 2. 指定要写入的文件名(csv无需自己创建)file_name = 'fpr_tpr_threshold.csv'# 3. 写入csvfile = open(file_name, 'wt', encoding="UTF8")writer = csv.writer(csvfile, delimiter=",")# 标题行写入he.

2021-08-11 16:39:12 2939

原创 ResNet 论文学习笔记

1. ResNet 提出的背景深层卷积神经网络在图像分类领域取得了很多很棒的进展，因为随着网络层次的加深，feature level 从 low--mid--high 逐步得到丰富，但是通过简单堆叠多层网络真的可以学的更好吗？（Is learning better networks as easy as stacking more layers? ）答案是否定的。随着网络层次的加深，会出现两个问题：1）梯度消失/爆炸（vanishing/exploding gardient）...

2021-08-11 12:06:05 559

原创 Python 运行报错 fixture ‘cfg‘ not found

运行一个网络的 training code 时遇到错误：> E fixture 'cfg' not found> available fixtures: cache, capfd, capfdbinary, caplog, capsys, capsysbinary, doctest_namespace, monkeypatch, pytestconfig, record_property, record_testsuite_property, record_xml_attribute,

2021-08-11 09:53:38 2583 2

原创 Python 使程序运行过程中不显示图像窗口，而是将程序运行过程中的图像保存到本地

import matplotlibmatplotlib.use('Agg')# 使程序运行过程中不显示图形窗口import matplotlib.pyplot as plttrainHist, valHist = training.trainNetwork(...)plt.xlabel('epoch')plt.ylabel('loss')plt.plot(valHist, label='validation loss')plt.plot(trainHist, label='trai.

2021-08-10 10:59:21 949

原创 Python 将数组保存为图片格式

import numpy as npimport cv2# 如果没有安装 cv2 模块，可以使用命令 # pip install opencv-python==4.4.0.46 来安装# 其中 4.4.0.46 是 Opencv 的版本listdata = [[1, 0, 1], [0, 1, 0], [0, 0, 1]]image_arr = np.array(listdata)cv2.imwrite("filename.png", image_arr)...

2021-08-10 10:55:15 1577

原创 Python将list矩阵保存为nii文件

import nibabel as nibimport numpy as np# 首先读取nii文件并完成维度转换和NAN值替换path='../data/'fileName='lactate.nii'data = nib.load(path+fileName).get_fdata()data = data.transpose(2, 0, 1)dataTest = np.nan_to_num(data)# 某任务产生了新的listdataTestGT=np.mean(dataTest.

2021-08-10 10:48:56 514

原创 Python将数组保存为mat文件

import scipy.io as iotrainHist, valHist = training.trainNetwork(...)# 要保存的变量应该是numpy array# 如果不是，比如保存的时候报错为“list”# 则要先转换为numpy array# data = np.array(data)mat_path = '../losssave/train_loss_N2V.mat'io.savemat(mat_path, {'train_loss': trainHist}).

2021-08-10 10:43:43 4342

原创 Python读取nii数据，进行维度转换，NAN值替换

import nibabel as nibimport numpy as nppath='../data/'fileName='wr_Lac_78.nii'data = nib.load(path+fileName).get_fdata()data = data.transpose(2, 0, 1)data = np.nan_to_num(data)print(np.shape(data))

2021-08-10 10:42:20 935

原创利用 python/keras/tensorflow 计算 DICE系数，评估 3D 分割结果，只挑选特定层面

之前在文章：https://blog.csdn.net/Sweety_Lin/article/details/104199580 中写的DICE计算程序，是将Nii的整个volume计算在内，现想提取T2中有lesion的特定层面来计算DICE：import nibabel as nibimport scipy.io as ioimport osimport numpy as npi...

2020-02-17 09:50:14 1675

原创 MATLAB遍历文件夹及其子文件夹，读取多幅相关图像画图

问题描述：4个模态的nii数据以及其中三个模态对应的mask，每个模态的数据维度均为121*145*121，现按照Z方向，将每个模态的121层都利用ITK-SNAP保存为png格式，总共有18个受试者。为了展示每个受试者、每个模态的数据情况，想每人每模态抽取对应的5层，贴在PPT里，总共需要 18 * 7 * 5 = 630 张图片，如果手动粘贴复制将非常繁琐，故利用MATLAB实现这一过程。...

2020-02-17 09:37:57 1059

原创利用 python/keras/tensorflow 计算 DICE系数，评估 3D 分割结果

有 200幅分割图像和其对应的 ground truth，现利用 python 语言计算 DICE 系数，评估分割结果import nibabel as nibimport scipy.io as ioimport osimport numpy as npimport tensorflow as tffrom keras import backend as Kdef dic...

2020-02-06 17:47:32 3770 7

原创 MATLAB 将主文件夹下所有子文件夹内的特定数据集批量复制

任务描述：主文件夹下有200个子文件夹，每个子文件夹内有DWI和其对应的mask文件，现需要将所有的DWI数据单独存放在同一个文件夹内MATLAB Codeclc;clear all;close all;imgDataPath = 'C:\Users\Sweet\Desktop\labeled'; %主文件夹路径imgDataDir = dir(imgDataPath)...

2020-02-06 11:22:51 848

原创 DnCNN

“Kai Zhang, Wangmeng Zuo, Yunjin Chen, Deyu Meng, Lei Zhang,Beyond a Gaussian Denoiser: Residual Learning of Deep CNN for Image Denoising, IEEE Trans. on Image Processing, 2017”Network Architecture...

2019-06-09 16:21:36 3222 4

原创 Python 中 argparse 模块简介

argparse 的作用argparse是python标准库里面用来处理命令行参数的库，其目的就是为py文件封装好可以选择的参数。举个例子：在Linux系统中，我们常用到 ls 这个命令，默认情况下 ls 会显示当前目录的所有文件或文件夹名称，但是当我们想要获得更多信息，如文件的权限、建立时间等，就需要在 ls 命令后加上 -all 或其他被允许的指令。因此对 ls 这个命令而言，假设我们想改...

2019-04-19 10:46:53 502

原创 Python 中 time 模块的使用

首先调入 time 库: import time主要函数有：时间获取：time()，ctime()，gmtime() 格式化：strftime()，strptime() 程序计时：perf_counter()，sleep()函数调用格式为 time.function_name()时间获取函数简介time() 获取当前时间戳，即计算机内部时间值，浮点数，是1970.01.01...

2019-03-30 16:30:05 453

原创 Python turtle绘图库调用、基本命令简介-----以蟒蛇绘制为例

下面的代码为 python 蟒蛇绘制举例，其中的注释行对 turtle 绘图库的调用和其中的基本命令进行了简介import turtle ## 引入一个绘图库 # 方法一# import <库名># 使用：库名.函数名(函数参数) # 方法二# from <库名> import <函数名># from <...

2019-03-20 20:49:14 896

原创第九章变量和参数

变量作用域变量的作用域是指，在程序的哪些地方可以使用变量局部（local）变量：在函数内定义的变量；只能在函数内使用或修改全局（global）变量：在函数外定义的变量；在函数内外均可使用，但不能在函数内直接修改；如果一定要在函数内修改全局变量的值，需要使用global关键字函数内定义的变量可以和函数外的变量重名函数参数也是局部变量获取函数名 print(f._...

2019-03-10 16:36:16 1190

原创第八章 Python 函数

函数调用函数就是一段具有特定功能的代码块 num = len(my_list) 调用函数：通过一条简单的命令执行一系列复杂的操作函数名len：函数的标识符函数参数my_list：在调用函数时给函数提供数据函数的返回值num：有些函数执行完毕会得到一个结果；不是所有函数都有返回值（None） print(len.__name__) 获取函数名 print 函数使用简介...

2019-03-10 11:49:31 377

原创第七章字典和集合

字典基础字典 dictionary 是一种可变容器类型，可以保存任意类型对象在 python 中，字典用 { } 来定义使用dict()可以定义一个空字典字典中的元素以键值对 key - value 的方式存储 d = {key1:value1,key2:value2} 字典中的键必须是唯一的不能重复字典中的键必须是不可变类型（字符串、数值），value 是可变类型...

2019-03-09 11:40:20 427

原创第六章循环语句

Range 方法使用 range 可以快速生成指定范围内的列表元素 range 生成的是列表元素，而不是列表本身 range(100)，生成 100个元素，从0开始，不包含100：0,1,2,...,98,99 l = list(range(100))，创建一个列表，[0,1,2,...,98,99] range(4,12)：4，5，6，7，8，9，10，11 range(3,9,2...

2019-03-09 10:01:54 1246

原创第五章列表和元组

列表和下标列表（list）是 python 中最基本的数据结构列表中可以包含任意多个数据元素列表中可以包含任意类型的数据元素列表用中括号 [ ] 定义，用 ‘ , ’ 分隔列表中的下标从 0 开始，可以使用下标获取元素列表也可以使用负数下标，-1 代表最后一个元素可以使用 [ start : end : step ] 对列表进行截取字符串是不可变数据类型，列...

2019-03-06 22:07:34 391

原创第四章判断语句

关系运算六个关系运算符：> < >= <= ==（相等） !=（不相等）关系运算的结果是一个布尔值（bool）：true，false 在字符串中，0 1 2 ... 9 < A B C ... Z < a b c ... z 注意！数值 12 和数值 12.0 不相等逻辑运算逻辑运算又叫布尔运算，结果是布...

2019-03-03 17:33:44 350

原创第三章字符串

字符串下标字符串是一串字符，可以从中提取某一个字符使用下标访问字符，python 中字符下标是从 0 开始的 : a[0] 负数下标表示从后往前，从 -1 开始: a[-1] 可以使用 [start:end:step] 截取字符串，截取的字符串包含 start，但不包含end；可以只写 start 或者 end 或者都不写在 python 中字符串是不可变的值，不能修改其中某一个字...

2019-03-03 10:35:20 307

原创第二章 Hello World

Python 中常用的数据类型整数和浮点数浮点数带有小数点，整数没有 print() 函数可以输出数据 type() 函数可以查看数据的类型整数和浮点数都可以使用 ‘ + ’ 进行加法运算举例简单算术运算+、-、* 运算时注意结果的类型，有浮点数参与运算时，结果应当为浮点数除法运算的结果总是浮点数，6 / 2 = 3.0 运算符的优先级，括号 > 乘...

2019-03-02 11:36:53 239

原创第一章 Windows 系统下配置 python

1. 下载安装python 1) 下载地址：Python下载地址 www.python.org 2) 下载后双击 exe 文件开始安装 ① 安装前首先要勾选 Add Python x.x to PATH 这个选项 ② 安装的最后一步点击 Disable path length limit ③ 重启电脑，确保 python 的路径...

2019-03-01 19:35:05 262

原创什么是边缘分布（marginal distribution）？

百度百科的定义如下参阅Wikipedia举例，下图中，X和Y遵从绿圈内所示的二元正态分布，红线和蓝线分别表示Y变量和X变量的边缘分布Many samples from a bivariate normal distribution. The marginal distributions are shown in red and blue. The marginal distri...

2019-02-14 11:51:38 28478