UPGM聚类绘图

本人虽在生信行业浑水摸鱼了几年，但是依旧处于中下等技术水平，为了避免自己一直处于下游状态，遇到问题抓紧记录一哈子！ 

一、upgm聚类图

今日在绘制upgm图出现问题，出现图这样的问题。X轴标签和标题sample嵌套，糊在一起了

经过网上一顿搜索，已经解决，具体看如下代码：

library(vegan)
theme_set(theme_bw())
library(jsonlite)
library(optparse)
data <- read.delim(file="Phylum.txt", header=T, row.names=1, stringsAsFactors=F, comment.char="", sep="\t", check.names=F)
data <- data[apply(data, 1, sd)>0,]
data <- data[,apply(data, 2, max)>0]
meta <- as.data.frame(fromJSON("info.json")$sampleInfo)
meta <- meta[,c("id", "group")]
outname <- "upgm"

d <- vegdist(t(data), method="bray")
upgma <- hclust(d, method="average")

png(paste0(outname, ".png"), width=1580, height=1080, res=300)
par(mai=c(2, 1, 1, 1), cex.lab=1.5)
plot(as.dendrogram(upgma), main = 'UPGMA\n(Bray-curtis distance)', sub = '', ylab = 'Height')
mtext('Sample', side = 1, line = 7, cex = 1.5)
dev.off()

关键代码语句，解决问题的两行：

par(mai=c(2, 1, 1, 1), cex.lab=1.5)  
plot(as.dendrogram(upgma), main = 'UPGMA\n(Bray-curtis distance)', sub = '', ylab = 'Height')
mtext('Sample', side = 1, line = 7, cex = 1.5)

逐行解释一下：

• mai=c(2, 1, 1, 1): 设置边距（margin），单位为英寸。顺序为 c(bottom, left, top, right)。
  • bottom = 2：底部边距为 2 英寸。
  • left = 1：左侧边距为 1 英寸。
  • top = 1：顶部边距为 1 英寸。
  • right = 1：右侧边距为 1 英寸。
• cex.lab=1.5: 设置坐标轴标签的字体大小为 1.5 倍。
• side = 1：表示 x 轴（底部）。
• line = 7：表示文本距离 x 轴的行数，可以调整这个值来改变标题的位置。
• cex = 1.5：设置文本的大小为 1.5 倍。

改后图片如下：

参考帖子：

R语言：UPGMA聚类分析和树状图 - 简书