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RSS订阅原创 单细胞数据下采样downsampling
在进行单细胞数据分析时，遇到过大的单细胞数据有时会需要适当减少数据量进行测试。这个功能可以通过python中scanpy的函数轻松实现。单细胞数据来自2023年的Cell人胎脑，"Spatiotemporal transcriptome。fraction就是采样的比例，可以看到现在单细胞数目变成了3517，大概是原本的1/10。现在如果想要继续缩小单细胞的数据量，下采样1/10的细胞进行后续分析，可以如下。可以看到此时的单细胞数目是35175，基因数为36601。首先进行数据和包的导入。
2024-07-18 16:35:40
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原创 安装CPU版本的Pytorch以及依赖库
最近需要用到深度学习的一些算法工具，奈何电脑上并没有条件配置GPU环境，大多数深度学习教程都是基于GPU环境搭建，于是记录一下CPU配置的过程。torch_scatter，torch_sparse，torch_cluster，torch_spline_conv是四个依赖库，可以按需安装。另外我还需要安装pytorch_geometric包，注意最新的版本需要基于Python 3.8以上的版本。首先是基础的torch包的安装，安装之前最好更新一下pip库。检查环境下安装的所有包，是否存在版本冲突。
2024-05-11 18:08:23
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原创 matplotlib绘制折线散点条形直方图
利用python的matplotlib包绘制简单的折线图，散点图，条形图，直方图教程参考https://www.bilibili.com/video/BV1hx411d7jb
2023-07-18 10:44:13
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空空如也
空空如也
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