木与长清
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个人简介：基因组学小菜鸟勇敢冲击单细胞空间组！我爱脑科学！

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AI大模型如何赋能电商行业，引领变革？

如何使用AI技术实现购物推荐、会员分类、商品定价等方面的创新应用？如何运用AI技术提高电商平台的销售效率和用户体验呢？欢迎分享您的看法

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scanpy差异基因导出

scanpy实现Seurat差异基因表格类似的导出
原创
发布博客 16 小时前 ·
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sceasy将h5ad转rds基因名丢失问题

sceasy转换格式基因名手动添加
原创
发布博客 2024.11.06 ·
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如何获取原始测序数据从SRA到FASTQ

从一篇文章的GEO开始，下载原始SRA数据并转化FASTQ
原创
发布博客 2024.10.29 ·
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如何快速get一个物种进化树

利用LifeMap和iTOL绘制物种进化树
原创
发布博客 2024.10.09 ·
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如何快速下载物种的pep/cds序列

利用命令行下载ncbi dataset数据库信息
原创
发布博客 2024.08.25 ·
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sceasy将h5ad转换rds的一个报错

sceasy报错记录
原创
发布博客 2024.08.12 ·
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从单细胞表达矩阵构建Anndata对象

单细胞表达矩阵压缩包转化成Anndata对象
原创
发布博客 2024.07.31 ·
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SATURN：利用蛋白质大模型嵌入进行跨物种整合

跨物种整合大模型的实例测试流程记录
原创
发布博客 2024.07.24 ·
1114 阅读 ·
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单细胞数据下采样downsampling

在进行单细胞数据分析时，遇到过大的单细胞数据有时会需要适当减少数据量进行测试。这个功能可以通过python中scanpy的函数轻松实现。单细胞数据来自2023年的Cell人胎脑，"Spatiotemporal transcriptome。fraction就是采样的比例，可以看到现在单细胞数目变成了3517，大概是原本的1/10。现在如果想要继续缩小单细胞的数据量，下采样1/10的细胞进行后续分析，可以如下。可以看到此时的单细胞数目是35175，基因数为36601。首先进行数据和包的导入。
原创
发布博客 2024.07.18 ·
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scanpy读取10x单细胞数据

利用Python中scanpy包导入10x genomics单细胞数据
原创
发布博客 2024.05.22 ·
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CellDART整合单细胞数据和Stereo-seq空间转录组数据

利用CellDART工具将单细胞数据结果迁移到空间转录组数据上并可视化
原创
发布博客 2024.05.16 ·
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从GEO单细胞数据创建AnnData对象

从基本的单细胞数据创建anndata对象进行下游分析
原创
发布博客 2024.05.13 ·
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安装CPU版本的Pytorch以及依赖库

最近需要用到深度学习的一些算法工具，奈何电脑上并没有条件配置GPU环境，大多数深度学习教程都是基于GPU环境搭建，于是记录一下CPU配置的过程。torch_scatter，torch_sparse，torch_cluster，torch_spline_conv是四个依赖库，可以按需安装。另外我还需要安装pytorch_geometric包，注意最新的版本需要基于Python 3.8以上的版本。首先是基础的torch包的安装，安装之前最好更新一下pip库。检查环境下安装的所有包，是否存在版本冲突。
原创
发布博客 2024.05.11 ·
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基因组GTF优化全流程

基因组注释文件优化及简单验证流程
原创
发布博客 2024.04.18 ·
701 阅读 ·
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利用Photoshop进行单细胞配准

通过Ps实现快速的单细胞图片配准
原创
发布博客 2023.08.10 ·
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Excel从一个表中查找另一个表的信息写入

利用excel的VLOOKUP函数实现从一个表中查找另一个表的信息。
原创
发布博客 2023.07.30 ·
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numpy处理数组常用命令

Python中numpy包处理数组的一些命令
原创
发布博客 2023.07.18 ·
312 阅读 ·
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关于Python中的切片表达

一些python中常用的切片表达
原创
发布博客 2023.07.18 ·
247 阅读 ·
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matplotlib绘制折线散点条形直方图

利用python的matplotlib包绘制简单的折线图，散点图，条形图，直方图教程参考https://www.bilibili.com/video/BV1hx411d7jb
原创
发布博客 2023.07.18 ·
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word中指定起始页码位置（第2页/任意页）

手把手超细节的word指定起始页码教程！
原创
发布博客 2023.03.21 ·
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