问题:使用如下该代码安装BSgenome等R包,一直安装失败
解决方法:更新R版本,安装Rtools,使用本地安装的方法才成功安装该R包
#BSgenome包的安装
options("repos"="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/")
if(!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager",update = F,ask = F)
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
if(!require(BSgenome))BiocManager::install("BSgenome",update = F,ask = F)
if(!require(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19))BiocManager::install("BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19",update = F,ask = F)
#如果多次下载都不成功,就下载tar.gz并放在工作目录下,本地安装
#https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc//packages/release/data/annotation/src/contrib/BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.3.tar.gz
install.packages("BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.3.tar.gz",repos = NULL)
devtools::install_github("PoisonAlien/TCGAmutations",upgrade = F)
if(!require(PMCMRplus))install.packages("PMCMRplus",update = F,ask = F)
library(BSgenome)
library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19)
library(PMCMRplus)
报错信息:
> library("BSgenome")
Error in library("BSgenome") : 不存在叫‘BSgenome’这个名字的程辑包
> library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19)
Error in library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19) :
不存在叫‘BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19’这个名字的程辑包
注意到warning部分:
> install.packages("BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38_1.4.3.tar.gz",repos = NULL)
WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installed. Please download and install the appropriate version of Rtools before proceeding:
https://cran.rstudio.com/bin/windows/Rtools/
因此安装Rtools(我使用的是官网安装,安装完成后记得把Rtools目录下的bin文件夹手动添加到环境变量中),同时更新了一下R的版本(注意更新之后记得把旧版本的文件夹删了),且Rtools和R的版本必须是相同匹配的
更新后重新运行,使用本地安装的方法,最后成功安装