单细胞测序
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Science综述 | 用单细胞基因组学将人类细胞表型匹配到基因型
原文地址:https://science.sciencemag.org/content/365/6460/1401<更多精彩,可关注微信公众号:AIPuFuBio,和大型免费综合生物信息学资源和工具平台AIPuFu:www.aipufu.com>Mapping human cell phenotypes to genotypes with single-cell genomi...原创 2019-10-25 22:54:42 · 2390 阅读 · 0 评论 -
单细胞转录组测序技术(single cell RNA-seq)及细胞分离技术分类汇总
在过去的十多年里,高通量测序技术被广泛应用于生物和医学的各种领域,极大促进了相关的研究和应用。其中转录组测序(RNA-seq)被广泛应用于测定和描绘各类物种的基因或转录本的表达情况。但传统的转录组测序技术(bulk RNA-seq)是基于群体细胞,每个样本包含成千上万个细胞,所以最终反映的是基因在群体细胞中平均表达水平,从而掩盖了不同细胞之间的表达异质性。近年来,单细胞转录组测序(single-c...原创 2019-08-31 17:04:06 · 23962 阅读 · 0 评论 -
单细胞测序数据的降维方法及细胞亚型鉴定聚类方法总结
细胞亚型的鉴定及分析(Stegle et al. NATURE REVIEWS | GENETICS, 2015)随着单细胞测序技术的发展,每个研究或实验中测定的细胞数量在显著增加。现在很多单细胞研究中,少则产生几百,多则产生几十万的细胞数量,甚至更多。其中,细胞亚型(cell subtype or cell subpopulations)的鉴定是单细胞测序技术一个非常重要的基础应用...原创 2019-09-05 09:37:10 · 9315 阅读 · 1 评论 -
基于单细胞测序数据构建细胞状态转换轨迹(cell trajectory)方法总结
细胞状态转换轨迹构建示意图(Trapnell et al. Nature Biotechnology, 2014)在各种生物系统中,细胞都会展现出一系列的不同状态(如基因表达的动态变化等),这些状态(state)之间会按照一定的时间顺序转换。最典型的比如细胞的分化过程,从不成熟的细胞逐渐分化为成熟细胞。此外,细胞在受到外界刺激或扰动时,细胞内基因的表达也可能发生一系列的变化,从而呈现出一系列...原创 2019-09-08 17:29:15 · 4190 阅读 · 0 评论 -
单细胞转录组测序技术及各类数据分析方法总结
自从2009年**单细胞转录组测序(single-cell RNA-seq,scRNA-seq)**技术首次问世,至今已经有几十种不同的scRNA-seq技术相继被开发出来。在过去的十年里,单细胞转录组测序技术得到了蓬勃的发展,从而使得可在单细胞水平揭示全基因组范围内所有基因的表达情况,可以更精准的开展细胞间的表达异质性研究、鉴定新的细胞亚型、解析早期胚胎的发育等。单细胞测序流程(图片来源 :...原创 2019-09-17 12:47:22 · 4251 阅读 · 0 评论