如何注释基因组中的tRNA + 安装tRNAscan-SE

最新推荐文章于 2024-09-29 19:01:12 发布
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文章标签： 运维 shell 操作系统
原文链接：http://www.cnblogs.com/Xeonilian/p/trnascan-se-install.html
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本文介绍了如何在本地安装和使用tRNAscan-SE 1.3.1来注释基因组中的tRNA。通过下载软件、解压、编译和安装，详细阐述了安装过程，并提到了命令行参数的使用。测试表明，不同的设置会影响结果数量和计算速度。
摘要由CSDN通过智能技术生成

简介

  • tRNA：tRNA是mRNA翻译到蛋白的步骤中根据密码子搬运氨基酸的RNA。这个结构的最核心部位就是与密码子配对的三位碱基。tRNA长得像一个三叶草，大概76-90 bp，所以除了三位碱基，识别其二维结构，是为了知道如何折叠成三叶草。
  • tRNAscan-SE用 Perl 整合了tRNAscan、EufindRNA 和Cove3个tRNA检测软件。首先调用 tRNAscan和EufindRNA鉴定基因组序列中 tRNA区域，然后调用Cove进行验证。
  • 目前2.0版本正在beta阶段，最新的下载稳定版本为1.3.1
  • 网页版是2.0版，会根据数据库找最相似的tRNA。
  • 如只需安装看步骤即可，说明中总结我遇到的问题。


本地化安装步骤

  1. 进入 Linux。
  2. 下载 tRNAScan-SE 1.3.1.tar.gz
  3. 解压缩
  4. 进入 tRNAScan-SE 1.3.1 目录
  5. 修改 Makefile 中的相关路径，能sudo安装到opt里就不用这步。
  6. make 编译
  7. 安装
  8. 运行 testrun 检验是否运行成功
  9. 删除 make 的文件


命令

wget http://lowelab.u
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andao1995
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2020.11.12丨tRNAscan-SE-2.0最新安装流程
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利用tRNAscan-SE做tRNA分析
qq_50637636的博客
08-31 2885
1.从官网(http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/)下载tRNAscan-SE wget http://trna.ucsc.edu/software/trnascan-se-2.0.9.tar.gz 2.解压 gunzip trnascan-se-2.0.9.tar.gz tar -vxf trnascan-se-2.0.9.tar.gz
预测tRNA的软件tRNAscan-SE的 安装
alnx37271的博客
06-17 766
This page was last updated on Wednesday, 22-Jan-2014 16:11:26 CST Installation notes for tRNAscan-SE version 1.3.1 (January 2012) Home Page Prerequisites Perl5 In...
tRNAscan-SE-2.0：安装尝试
m0_53945548的博客
06-18 294
参照大佬的尝试一下在下面网站看最新的安装包。
tRNAscan-SE:预测基因组上的tRNA基因
庐州月光的博客
08-09 1980
欢迎关注"生信修炼手册"!tRNAscan是一款tRNA预测工具，支持不同类型基因组的tRNA预测，包括以下四种类型eukaryotic tRNAsbacterial t...
tRNAscan-SE.tar.gz_One Three One_predictions_tRNA scan_tRNAsc_tR
09-22
tRNAscan-SE does no tRNA detection itself, but instead combines the strengths of three independent tRNA prediction programs by negotiating the flow of information between them, performing a limited ...
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