在计算机组成原理中，流水线的主要问题有以下几个：

1. 数据相关（Data Hazards）问题：由于指令之间存在数据依赖关系，当前一条指令的结果需要被后续指令使用时会发生冲突，这就会导致后续指令无法执行或者执行错误。数据相关问题是由于指令之间的依赖关系引起的。

2. 控制相关（Control Hazards）问题：流水线的控制操作需要在执行过程中才能确定，如分支、跳转等指令。但由于流水线中的执行过程已经分为了多个阶段，因此在前面的阶段中并不能判断前面的指令是否需要分支或跳转，这就可能导致流水线执行错误或者浪费计算资源。

3. 结构相关（Structural Hazards）问题：由于某些硬件资源被多个指令同时需要，因此需要在多个指令之间进行共享。但由于硬件资源的限制，在某些情况下，这种共享无法实现并发，这就会导致流水线无法正常执行。

这些问题都是由于流水线中指令的执行过程被分割成多个阶段，而阶段之间存在依赖关系、无法确定等原因导致的。为了解决这些问题，可以采用一些优化方法，如延迟槽、预测分支等技术，并通过合理的硬件设计来避免结构相关问题。