基于单细胞RNA-seq和大量RNA-seq数据的CAF风险特征构建成纤维细胞特征风险模型

原文链接：Characterization of cancer-related fibroblasts (CAF) in hepatocellular carcinoma and construction of CAF-based risk signature based on single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq data

背景：癌症相关成纤维细胞 （CAF） 参与肿瘤生长、血管生成、转移和治疗耐药性。我们试图探索肝细胞癌（HCC）中的CAF特征，并建立基于CAF的风险特征来预测肝细胞癌患者的预后。

工具链接：零代码复现5-基于单细胞RNA-seq和大量RNA-seq数据的CAF风险特征构建成纤维细胞特征风险模型

1、单细胞数据读取

这里需要注意，单细胞目前的数据有三种格式，如果不清楚，可以查看之前的文档

http://www.sxdyc.com/clusteringReduction

这里我们提供了三种格式的文件

我们以10x的数据为例

文件夹的名字就是样本的名字，记得不要太长，也不要以数字开头，每一个文件夹包含了三个文件

全选这四个文件夹，压缩为zip，然后上传即可

提交后设置任务名，等待运行成功即可。

运行完成后，点击文件下载

2、单细胞数据过滤

这里选择的阈值 100<umi<50000，100<单个细胞表达的基因数量<5000，线粒体的含量小于10%