autodock实际操作演示

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一．大分子处理
读取大分子，可以把文件放在file打开时候的默认位置或者是在联网的情况下使用read>read from web

出现了一下的选项：

输入相应的PDB ID即可自动读取

大分子处理的时候主要是除盐除水、加电荷、极性氢等。主要使用的选项是ADT的Edit和Select两个大选项的操作：
读取分子：

在Select中选择select from string

除水和除盐主要使用的是Residue和Atom，模式是residue：HOH* 和Atom：*，点击Add，而后选择ADT的Edit中delete>delete atomset

点击出现的选项中的continue即可。除盐也是一样的步骤。无水无盐的也可以这样操作，但不会对大分子有任何影响。
加极性氢：
选择ADT的Edit中的Hydrogen>Add

出现选项为一下面显示的命令框，仅仅选择其中的polar only，其他的不变。点击OK

加电荷：ADT的Edit>Charge>compute Gasteiger电荷即可，点击OK

选择配体小分子：
打开小分子

选择的小分子的格式主要是PDB、mol2等几个，格式可以在其他读取小分子的软件中进行转换。而后进行保存

进行格子的计算：
选择ligand那行中的Grid选项中进行计算
选择大分子

选择大分子，选择下面的Select Molecular即可

选择配体：

同选择大分子时候是同一个选择框，选择你所需要的配体即可
设定格子

上图中的pick an atom 即可任意设定相应的格子中心，然后利用三个带数字的转轮进行扩大或者缩小格子的大小，当设定好之后，在这个小框子中的file>close saving current，关闭即可。

接着保存为GPF文件

注意在保存命名时候一定要保存为数字英文下划线为组合的（点）.gpf文件，而后选择Grid下的Edit GPF选项，点击OK即可。
运行Run Grid
相同选择条中的Run中的Run Grid

注意其中的选项都有相应的读取路径，不要是一个单单的文件名。完成后点击Launch即可，运行期间不要关闭任何窗口，知道运行框中的有相应的success字眼时候，即为完成。
分子对接：
相同选项条中Docking中的macromolecular选项

选择相应的大分子即可
选择配体是在Docking下的Ligand中的choose选项

选择相应的配体
计算方法的选择为docking 下的Output，选择LGA计算方法

保存格式要求与gpf文件一样，保存为.dpf文件，而后选择Edit DPF选项卡，点击OK。
运行Run

规则一样要求，一定要由相应的路径。
结果的读取
结果主要是在同选项条中的

打开文件格式为.dlg文件
Analyze>Macromolecular选择大分子，在Analyze>Comformation选择下图的选项

标号为一的就是最佳构象，
残基分析问Analyze>Docking>Show Interaction就是残基分析

如果想要知道能量，也可以在计算文件中用TXT格式打开.dlg文件就行，有相应的能量排名。