2.1 生物信息-基础知识
Candle_light
目前研究生在读,本科至今生物信息学 (计算机与生物的交叉学科)
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执行Hexo d报错Spawn failed, 以及OpenSSL SSL_read: Connection was reset, errno 10054
今天在重新整理自己用hexo搭建的Homepage,但是当我使用hexo d 命令将我的文件传到github上的时候报了以下错误$ hexo dINFO Deploying: gitINFO Clearing .deploy_git folder...INFO Copying files from public folder...INFO Copying files from extend dirs...warning: LF will be replaced by CRLF in 2原创 2021-03-18 22:46:12 · 3570 阅读 · 4 评论 -
mirdeep2使用笔记
简介mirDeep2可用于新microRNA的预测,以及microRNA的定量这个软件由多个perl脚本模块组成mapper.plmiRDeep2.plquantifier.pl下载安装## 首先下载和解压缩wget https://github.com/rajewsky-lab/mirdeep2/archive/v0.1.3.tar.gztar -xvzf v0.1.3.t...原创 2020-02-14 21:34:32 · 5905 阅读 · 0 评论 -
生信数据库ID大总结-想踏入生信大门的你值得拥有
xiangyujia花了差不多一周写了这个总结,推送在:https://mp.weixin.qq.com/s/LlR2mMqUXxvRSbJBGkuXJA希望对一些小伙伴有帮助目录各大生信资源的使用流行程度生信数据库的霸主-NCBI以及Entrez检索系统Gene查找好帮手-Entrez Gene数据库人类基因命名委员会-HGNCEnsembl计划NCBI非冗余序列数据库...原创 2018-10-16 22:40:44 · 24614 阅读 · 12 评论 -
heatmap绘制热图时出现样本列名顺序调换
今天像往常一样,用**ComplexHeatmap包中的Heatmap**函数画热图,本来输入是正常的如图,C12H在左,RTF在右代码也没啥问题setwd("F:\\学习文件存放地址\\IOZ_实验室\\yangby\\结果文件\\all_表达矩阵\\")library(ComplexHeatmap)library(circlize)#含注释_all_deseq_CH_vs_RTF...原创 2019-01-01 16:19:42 · 13109 阅读 · 1 评论 -
Affymetrix基因芯片小总结
基因芯片的分类基因芯片按领域分类主要可以分为:基因组研究的SNP和CNV芯片mRNA表达研究的基因表达谱芯片microRNA芯片和LncRNA芯片DNA甲基化芯片在SNP芯片领域,Illumina公司凭借GoldenGate技术和infinium技术占主要地位。Affymetrix尽管也有SNP芯片,但是仍无法和Illumina公司相比。基因表达谱芯片领域,Affymetrix公...原创 2019-01-06 16:11:35 · 15476 阅读 · 1 评论 -
Bioconductor学习_基因组坐标体系-Granges和IRanges
什么是GrangesGranges是R语言中的数据结构,它主要用来存储基因组中的坐标区间。对于R语言的用户来说,这是一种非常快捷的方式来处理基因组的数据。我们知道基因组中有非常多的间隔区间,例如基因区域,snp区域,启动子区域 等等。很多区域之间都会有相互的重叠,例如启动子可能会和SNP区域有重叠,转录因子结合位点会覆盖启动子区域 等等。GenomicRanges和IRanges两个包,可...原创 2019-03-10 15:49:51 · 4301 阅读 · 0 评论