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原创 【ECG理论篇】(3)AI实现心律失常判别:心电信号的波形识别与特征提取
心电图中的各个波形都包含了非常多的信息,例如RR间期可以反映心动周期的时限;相邻心动周期的 RR 间期的比值可以反映室性早搏;R 波和 S 波幅值的比值和 R 波和 S 波之间的时限可以反映房性早搏等异常情况,等等所以识别这些波形以及提取相应特征对我们后续做心律失常的分类很重要。我们在用算法做心律失常判别分类之前,有两个关键点:第一步: 识别检测ECG信号中的波群(目前主要是先定位QRS波...
2018-11-26 10:39:19 20803 16
原创 【ECG理论篇】(2)AI实现心律失常判别:心电数据预处理
我们做心律失常判别的第一步就是拿到数据后,对心电数据进行预处理,数据预处理的核心重点就是去除噪声。那么,我们首先就要了解一下心电数据中的噪声来源心电信号数据中的噪声来源心电信号数据中的噪声主要可以分为三类:工频干扰,基线漂移,肌电干扰工频干扰:工频干扰主要是由电力系统引起的,频率大概为50HZ。基本上所有的生物电信号中都含有工频干扰的信号,工频干扰会影响我们对数据的分析判断,所以要在数据...
2018-11-26 10:34:11 4951 7
原创 【ECG理论篇】(1)AI实现心律失常判别:心电基础知识及利用算法判别心律失常的分析流程
最近开始做一个新的项目,使用深度学习来优化传统的心律失常预测算法因为自己也是初涉这个方向,所以学习开始的第一步就是了解背景知识。首先要了解的背景知识1.什么是心电图,心电的特点2.心电图中各个波群的含义3.常见的心电检测算法,以及信号处理相关4.其它等等…我先列出目录,持续更新...
2018-11-24 09:51:34 7352 11
原创 2018_11_25_生活记录
转眼间开学就过了将近3个月了,把握时光啊聊聊最近的学习情况咔咔咔,首先是数据库成功归档,本科的时候学数据库基本主要是学SQL语言的操作,到读研的时候学数据库我的感觉就像在学离散数学一样。本科学离散数学的时候,自己感觉除了图论在基因组组装里面有用,其它的知识学起来不知道能干啥。现在终于明白离散数学的用武之地很大了!然后,因为贝叶斯网络复杂度的问题,最近学了一下WGCNA,希望借一点灵感做个大网...
2018-11-25 22:15:54 357
原创 数据库基础(5)1NF,2NF,3NF,BCNF 四大范式的定义和判别
范式很重要呀,我们关系数据库的设计都要满足范式关系这里总结一下1NF,2NF,3NF和BCNF1.第一范式(1NF)定义(1NF, Normal Form) 如果一个关系模式R中的每个属性A的域值都是原子的,即属性值是不可再分的,则关系模式R属于第一范式,简记为R ∈ 1NF。若数据库模式R中的每个关系模式都是1NF,数据库模式 R∈1NF。这个非常好理解,基本上,只要题目给了,他就...
2018-11-25 21:38:47 17306 11
原创 数据库基础(4)函数依赖公理和推论(Armstrong公理),属性闭包和求候选键的技巧
函数依赖里面,函数依赖公理,Armstrong公理以及属性闭包的定义都有必要仔细学习1.逻辑蕴含基本定义2.Armstrong公理和推论–可以用来判断一个函数依赖X -> Y 是否逻辑蕴含于函数依赖集FArmstrong推论(三个规则)的推出过程使用Armstrong公理判断逻辑蕴含的例题(这个就要自己多练练就熟悉了)3.函数依赖集F闭包(F+)和属性集闭包(X+)的概念...
2018-11-25 20:58:19 4293 5
原创 数据库基础(3)函数依赖-平凡依赖,完全依赖,部分依赖,传递依赖
函数依赖是关系数据库中非常重要的概念包括平凡依赖,完全依赖,部分依赖以及传递依赖 ,这些都是关系数据库范式的基础函数依赖基本概念函数依赖基本定义简单来说就是,只要属性X的属性值一样(x1=x2) 那么 属性Y中的属性值就一样(y1=y2),就说明Y依赖于X例题:判断是否函数依赖先看A-> D ,由于第一行的a1对应d1,第二行的a1对应d2说明a1分别对应d1和d2 两...
2018-11-24 09:32:40 19574 4
原创 数据库基础(2)选择,投影,连接,除法运算
关系数据库中的选择,投影,连接,除法都是很重要的运算选择定义:在关系中选择在指定属性上有确定值的关系的子集。表示为:选择运算是选择关系中行的子集,即选择满足条件的元组例:1.查询信息系(IS系)全体学生σ Sdept=‘IS’(Student)2.查询年龄小于20岁的学生σ Sage<20(Student)选择运算的特性:投影投影是选取关系中列的子集。设模式R上关...
2018-11-24 09:23:55 48469 6
原创 R语言将数据框中的字符类型数字转换为数值
场景1我现在有一个数据框datexpr,里面的数字都是以字符型表示的,像这样&gt; datexpr[1,1][1] " 1.143773961"现在我想把这个数据框中的字符型数字转为数值型数字使用下面语句即可datexpr2=as.data.frame(lapply(datexpr,as.numeric))现在再次查看,就是数值型啦&gt; datexpr2[1,1][1]...
2018-11-23 10:22:13 88976 10
原创 数据库基础(1)关系的布尔运算:数据集的并,交,差,补和有效补运算
关系的布尔运算主要包括:并,交,差,广义笛卡尔积,补,有效补并集定义: 关系R和S的并集结果,由属于R或属于S的所有元组组成,其结果是一个新关系。记为:Q = R ∪ S = {t | t ∈ R 或 t ∈ S }例子: 注意! 这个并集求出来是不含重复元组的!例如虽然R和S都含有(a1,b2,c2),但是合并的结果中,只出现一次(a1,b2,c2)差集定义: 关系R和S的差由属于...
2018-11-21 09:37:39 12393 2
原创 转录组拼接软件Trinity使用安装报错锦集
由于要做无参转录组分析,所以就要使用trinity来做reads的拼接。但是自己安装trinity时遇见了一堆问题,最终一一解决,解决方案分享在下面。最开始我去github看Trinity的wiki,它给出直接编译的方案来安装trinity,但是很不幸,我使用cmake的时候,系统报错缺cmake,而且我没有root权限装很麻烦,所以我就换了一个方法,用conda装。conda instal...
2018-11-06 17:18:42 6428 12
原创 2018_11_05_珍惜少年时
刚才无意中在网页上搜索了一下自己的名字,发现了在本科学校的某门课程网站上有自己大三时候做的一个RNA-seq的ppt报告(下图中红色框标注)。当时那门课的老师是要求我们每周都做一次文献报告,小组轮流。现在翻过去看当时的文献报告和其它同学的报告,自己有一些体会颇深。大一大二的时候,作为生信专业,由于是交叉学科,所以我们主要学的都是计算机的核心课以及基础的生物课程(那个时候说实话,自己并不喜欢生...
2018-11-05 20:35:31 456
空空如也
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