R 更换package安装源

最新推荐文章于 2024-07-27 00:38:58 发布

常玉俊bioinfo

最新推荐文章于 2024-07-27 00:38:58 发布

阅读量1.6w

点赞数 9

本文链接：https://blog.csdn.net/chang349276/article/details/79295821

版权

有时候利用R安装R包，出现错误：

Warning in install.packages :
  unable to access index for repository https://cran.rstudio.com/src/contrib:
  cannot open URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/PACKAGES'
Warning in install.packages :
  package ‘readxl’ is not available (for R version 3.4.1)

可能是因为国外的rstudio或者其他源链接不上，此时换成国内源即可解决问题，更换方法如下：

##1. 使用Rstudio
打开
tool -> Global options -> packages

##2. 使用终端

在使用终端命令行安装包的时候，可以直接指定源，命令如下：

install.packages(‘gdata’, repos = ‘https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN’)

##3. 更改配置文件
linux或mac系统下，安装速度过慢，更改为国内源方案，编辑~/.Rprofile, 指定国内CRAN源：

options(repos=structure(c(CRAN=“https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/”)))

指定国内bioconductor源：

source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
options(BioC_mirror=“http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/”)
biocLite(“clusterProfiler”)

通过Rprofile自定义函数：

source.bioconductor <- function(){
            source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
            options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") 
}

通过调用source.bioconductor()函数，改变源并安装包