kallisto manul

Getting Startedhttps://pachterlab.github.io/kallisto/starting

###创建kallisto环境
conda create --name kallisto
####查看已有环境
conda info --envs

####安装kallisto
conda install kallisto

 使用kallisto命令检查安装的kallisto版本，如下说明已经安装成功

使用基因组文件出现

可能是kallisto只能用cDNA文件，下载人类hg38的CDNA文件

#!/bin/bash
#$ -cwd
#$ -S /bin/bash
#$ -l p=12
wget https://ftp.ensembl.org/pub/current_fasta/homo_sapiens/cdna/Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa.gz

服了，用5.0版本的kallisto就不行，用4.6.1版本的就可以，我服啦~

 

#!/bin/bash
#$ -cwd
#$ -S /bin/bash
#$ -l p=12
#######激活kallisto环境
conda activate kallisto
#####全路径调取kallisto(不使用这一步会导致无法找到kallisto命令)
~/miniconda3/envs/kallisto/bin/kallisto index -i Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.index Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa.gz

代码运行中~~~~~ 

 

成功建立index 

 

参考：RNA-seq: Kallisto+Sleuth(1) - 简书

 RNA-seq:Kallisto+Sleuth (2) - 简书【转录组学】如何进行一步到位的fastq到差异分析，kallisto拯救你(一)从fastq文件开始教你学会简易转录组分析https://mp.weixin.qq.com/s/ub45hb3VPq1_sO1nZ0kqnA