【无标题】

awk -F '[' '/^>/ { sub(/\..*/, "",$5); print $5 } !/^>/ { print }' GCF_000001405.39_GRCh38.p13_rna_from_genomic.fna

linux中提取包含指定字符的列 

awk '{for(i=1;i<=NF;i++) if(index($i,"transcript_id")) print $i}' GCF_000001405.39_GRCh38.p13_rna_from_genomic.fna

 linux中去掉每行=之前的字符串

sed 's/^[^=]*=//' process.fna > process_1.fna

去掉末尾的]

sed -i 's/[]]$//' process_1.fna

每一行加>

sed -i 's/^/>/' process_1.fna

以transcript_id为分隔符打印，再把=换成> （去掉点后了）

awk -F 'transcript_id' '/^>/ { sub(/\..*/, "",$2); print $2 } !/^>/ { print }' GCF_000001405.39_GRCh38.p13_rna_from_genomic.fna > process_4.fna
sed -i 's/=/>/g' process_4.fna

 保留点

awk -F 'transcript_id' '/^>/ { sub(/\.*/, "",$2); print $2 } !/^>/ { print }' GCF_000001405.39_GRCh38.p13_rna_from_genomic.fna > process_5.fna

#去掉每行第一个]后所有内容
sed -i 's/].*//' process_5.fna