MIT-BIH数据库中format16格式数据读取-MATLAB

MIT-BIH数据库综述

MIT-BIH 是由美国麻省理工学院提供的研究心律失常的数据库。目前国际上公认的可作为标准的心电数据库有三个，分别是美国麻省理工学院提供的MIT-BIH 数据库，美国心脏学会的AHA数据库以及欧洲ST-T心电数据库。其中MIT-BIH 数据库近年来应用比较广泛。

MIT-BIH数据库文件

（1）头文件[.hea]，存储方式ASCII码字符。包含文件名 、格式 、每帧样本数[可选] 、偏移[可选] 、字节偏移量[可选] 、ADC增益（每个物理单元的ADC单位）[可选]、基线（ADC单位）[可选] 、单位[可选] 、ADC分辨率（位）[可选]、ADC零值[可选] 、初始值[可选] 、块大小[可选] 等。（https://www.physionet.org/physiotools/wag/header-5.htm）
（2）数据文件[.dat]，按二进制存储，数据格式共有：Format 8、Format 16、Format 24、Format 32、Format 61、Format 80、Format 160、Format 212、Format 310、Format 311，心律失常数据库的数据格式为Format 212，此格式的读取被很多学者研究，本文中不做详细赘述。（https://www.physionet.org/physiotools/wag/signal-5.htm#toc3）
（3）注释文件[.atr]，按二进制存储。记录了心电专家对相应的心电信号的诊断信息，主要有两种格式：MIT格式和AHA格式。

数据读取

数据读取一般按照“头文件”-数据文件-“注释”的顺序进行

头文件读取

我们通过记事本打开头文件，会发现如下内容：

a0001 2 2000 71332
a0001.wav 16+44 1 16 0 0 0 0 PCG
a0001.dat 16 1000 16 0 0 367 0 ECG
#Abnormal

第一行为样本数据的综述，共2个信号，采样频率为2000，样本数为71332；
第二行为第一个数据，为.wav格式，format16，每mV包含的整数为1，采样精度为16，信号第一个整数值为0，为PCG数据
第三行为第二个数据，为.dat格式，format16，每mV包含的整数为1000，采样精度为16，信号第一个整数值为0。为ECG数据。
因为我们只对ECG数据进行读取，故下文均为提取ECG数据。

PATH= 'E:\training_2\training-a'; % 指定数据的储存路径
HEADERFILE= 'a0001.hea';      % .hea 格式，头文件，可用记事本打开
signalh= fullfile(PATH, HEADERFILE);    % 通过函数 fullfile 获得头文件的完整路径
for k=1:nosig           % 读取每个通道信号的数据信息
    z= fgetl(fid1);
    A= sscanf(z, '%*s %d %d %d %d %d %d',[1,6]);
    dformat= A(1);           % 信号格式; 这里只允许为 16 格式
    gain= A(2);              % 每 mV 包含的整数个数
    bitres= A(3);            % 采样精度（位分辨率）
    zerovalue= 4500;         % ECG 信号零点相应的整数值，（此处存疑，因为该文件中并未给定零点的整数值，设为4500，）
    firstvalue= A(5);        % 信号的第一个整数值 (用于偏差测试)
end;

数据文件读取

数据文件按照位进行读取，然后依据偏差值和增益，调整数据。

PATH= 'E:\training_2\training-a'; % 指定数据的储存路径
DATAFILE='a0007.dat';       % .dat 格式，ECG 数据
if dformat~= [16], error('this script does not apply binary formats different to 16.'); end;
signald= fullfile(PATH, DATAFILE);            % 读入 16 格式的 ECG 信号数据
fid2=fopen(signald,'r');
A= fread(fid2, [1, SAMPLES2READ], 'uint16')';  % matrix with 1 rows, each 16 bits long

根据基准值和增益调整数据

M = A;
 M( : , 1)= (M( : , 1)- zerovalue(1));
 M=M';
 M(1)=[];
 sM=size(M);
 sM=sM(2)+1;
 M(sM)=0;
 M=M';
 M=M/gain(1);
 TIME=(0:2*(SAMPLES2READ)-1)/sfreq;

绘制结果

M = M(100:end-100,1);  %因为数据前后均有EOF，故删除100个样本点
figure(1); clf, box on, hold on
plot(TIME(1:size(M,1)), M(:,1),'r');

结果