开源可视化编程软件_使用开源软件以3D形式可视化纳米技术

开源可视化编程软件

新的开源项目tomviz正在帮助纳米技术的3D可视化。

现代计算机是用纳米技术制造的。 处理器包含数十亿个晶体管，每个晶体管约14纳米。 硬盘驱动器上的一小部分信息被限制在每小时75英里的磁盘上旋转的10纳米域中。 我们智能手机中的加速度计包含纳米弹​​簧，可以测量重力来确定方向。

计算是纳米科学，程序员在每一行代码中都使用它。

但是，我们不能直接看到纳米技术。 纳米比人体中的红细胞小7,000倍-处于这样一个规模，即光波长太大而无法测量其存在。 为了看到纳米尺度的物体，需要高能电子。 电子显微镜利用能够分辨材料中每个单独原子的电子束。

纳米材料的3D成像对于开发各种新技术是必不可少的，包括清洁能源汽车中使用的氢燃料电池。

近来，在所有三维（3D）中对纳米级对象成像已成为一项重要任务。 在计算的背景下，正在使用复杂的3D结构制造新颖的设备（例如FINFET晶体管 ）。 要提高计算速度并遵守摩尔定律，就需要对各个维度进行全面的描述。

电子显微镜可以使用称为电子断层扫描的实验技术以3D形式对纳米技术进行成像。 从概念上讲，与医学CT扫描类似（仅在纳米级进行），在标本周围拍摄的一系列投影图像可对对象进行完整的体积重建。 但是，这是一个复杂的过程，从3D重建到可视化，该过程的每个步骤都严重依赖软件。 对于电子断层扫描，几乎没有甚至没有软件，因此迫切需要一个开源平台。

今年，美国能源部的一笔赠款启动了tomviz项目，用于先进的层析成像重建和纳米技术的可视化。 在这个用户友好的跨平台应用程序中，可以渲染，动画化，切片和分析大型体积数据集。 该平台提供了一个强大的图形界面，其中可以组合使用多个数据集，颜色图和其他可视化设置，并且可以将这些对象另存为图像或动画视频文件。 收集的数据可以通过直方图，多相关统计量，多个过滤器和用户自定义的python脚本进行进一步分析。 在tomviz中也可以对实验数据进行断层成像重建。

电子断层扫描使用许多投影图像来重建3D纳米尺度的物体。

在可视化的背景下，开源软件的透明性和可重复性对开放科学很重要。 发布3D科学数据时，最终表示要服从用户选择的过滤器和阈值。 即使可以平等地访问数据集，也可能难以复制出现在科学期刊中的3D可视化效果。 确保层析成像分析的可重复性，需要一个开放的可视化平台，该平台能够节省工作空间和数据处理管道。

tomviz通过在BSD许可下发布来支持开放科学。 允许广泛分发以用于任何用途-学术，工业或教育。

借助tomviz，每个人都可以访问3D重建和可视化。 通过使用状态/跟踪文件，应用程序提供了明确地将工作流管道保存到引用所有输入数据的文件的功能。 这可实现完全可重复的结果-对于研究人员与同事共享数据或向专家提出查询的领域具有重大意义。 这些管道文件可以帮助发布结果并改进开放的科学方法。

tomviz可以重建和可视化复杂对象，例如这种超支化纳米颗粒。 穿过纳米颗粒的切片显示为亮橙色，突出了颗粒的内核。

最终，tomviz将成为纳米材料3D成像（从重建到可视化）的完整工具集。 利用开放源代码3D库（VTK和ParaView），这个新生项目为层析数据分析提供了必要的工具。 具有NumPy接口的Python将使研究人员开发的复杂数据处理和重构方法易于实现和共享。 伴随着真实纳米技术的软件数据集将以知识共享许可的形式发布，以展示该平台并鼓励该领域的新发展。

科学家，程序员和好奇者可以下载 tomviz的编译版本 。 开发人员可以在GitHub上访问源代码 。

tomviz v0.2图形界面的屏幕截图。

致谢

DOm 科学办公室的 SBIR＃DE-SC0011385使tomviz项目成为可能。 同时还要感谢VTK和Paraview提供了有用的源代码基础。 感谢Elliot Padgett提供的纳米催化剂数据集； Robinson群为超支化粒子 ; FIJI和serialEM用于制作出色的显微镜科学显微镜图像工具。

翻译自: https://opensource.com/life/14/9/visualize-nanotechnology-3D-open-source-software

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