[R] scde package的报错问题

关于scde package 在使用scde.error.models( )函数出现 【无法找到槽logLik】的问题，解决如下：

将flexmix 包固定在2.3.13版本

可参考google groups 上的解决办法：

https://github.com/hms-dbmi/scde/issues/40

 

 

 

如下:

1. 首先将flexmix的版本固定在2.3.13

require(devtools)
install_version("flexmix", version = "2.3-13", repos = "http://cran.us.r-project.org")

2. 然后从github上安装scde的新版本

devtools::install_github('hms-dbmi/scde', build_vignettes = FALSE)

需要注意的是：在安装scde的过程中，会提醒一些依赖的包有新版本可以更新，要选择【3.None】 ，即所有依赖包都保持在当前版本，不进行更新，否则flexmix会更新至最新版本，scde将报错。

3.scde安装成功后，可以运行以下代码测试scde package是否可以正常运行：

library(scde)
data(pollen)
cd <- clean.counts(pollen)
## change ver