多个Web应用发布到一起而引起的编译器错误消息: CS0433

      我有两个Web应用，由于工作的需要把两个Web应用（Web Application非Web Site）发布到一起，前提是已经解决好文件重名的问题，原来发布后一直没有出现问题工作的好好的，系统大约有一年没有更新。最近进行了一些小规模的更新，发布到IIS6.0上，出现下列错误

“/ncmes”应用程序中的服务器错误。
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编译错误
说明: 在编译向该请求提供服务所需资源的过程中出现错误。请检查下列特定错误详细信息并适当地修改源代码。

编译器错误消息: CS0433: 类型“ASP.usercontrol_uc_user_grid_cnf_ascx”同时存在于“c:/WINDOWS/Microsoft.NET/Framework/v2.0.50727/Temporary ASP.NET Files/ncmes/78e128b9/8a5576c6/App_Web_txdxvy-a.dll”和“c:/WINDOWS/Microsoft.NET/Framework/v2.0.50727/Temporary ASP.NET Files/ncmes/78e128b9/8a5576c6/App_Web_lormzf9n.dll”中

源错误:

[没有相关的源行]
 
源文件: c:/WINDOWS/Microsoft.NET/Framework/v2.0.50727/Temporary ASP.NET Files/ncmes/78e128b9/8a5576c6/App_Web_cpbom_r.aspx.e8453837.vhovwuph.0.cs    行: 592

在网上找了一些方法，http://www.cnblogs.com/skyd/archive/2009/08/13/1544829.html ，所有都试了，还没有搞定。自己捣鼓了4个小时终于搞定。
我的系统原因是两个项目中用户控件存放的公共目录名一致所导致，我的两个web应用下都有个叫"UserControl"的文件夹，发布的时候在此文件夹下分别放各自的ascx文件。在请求某些用到了此用户空间页面时就出上边的错误，但有些就不出错。后来我把一个web应用的用户控件存放的公共目录名改成“UserControl2”在发布就正常了。但是如果是aspx文件放到相同目录下就没这问题。
可能的原因：通过使用Reflector分析上面的两个dll，发现确实是有相同的类，两个dll包含的类不完全一样，只有部分类是相同的，并且都是"UserControl"下包含的ascs类。当第一次请求页面时，.net会在c:/WINDOWS/Microsoft.NET/Framework/v2.0.50727/Temporary ASP.NET Files/虚拟目录名/ 动态生成缓存的dll，我怀疑可能是生成的策略中有对文件夹的特殊处理，并且没有考虑好多个系统发布到一起时的问题，也可能是用户控件ascs有其特殊性，具体原因我只是猜测。以后如果要把系统发布到一起时，不仅要考虑文件名不能重复，文件夹也不能重复。