RDKit|支持RDKit的PostgreSQL环境搭建与基本操作

一、环境配置

PostgreSQL是一个开源、可扩展的关系型数据库，rdkit官网文档里也是以postgresql作为案例进行演示。本文介绍带rdkit插件的postgresql在windows系统上的环境配置，以及在python环境下的基本操作。

1.windows下的安装与初始化

• 直接在cmd下使用conda安装继承了rdkit插件的postgresql

C:\Users\Administrator> conda install -c rdkit rdkit-postgresql

• 安装完成后需要初始化一下，在"-D"后加上数据库的数据存储目录

C:\Users\Administrator> initdb –D d:\postgresql\data

2.用户设置与服务启动

• 安装完成后，直接在cmd中执行“postgres -D d:\postgresql\data”启动服务会出现如下提示，即不能用带管理员权限的用户来启动服务

Execution of PostgreSQL by a user with administrative permissions is not permitted.

• 接下来在cmd命令行中进行用户设置，这部分内容会被360报错，需要暂时关闭杀毒软件或手动操作
• 新建一个用户postgres

C:\Users\Administrator> net user postgres /add

• 激活该用户

C:\Users\Administrator> net user postgres /active:yes

• 在<password>中设置密码

C:\Users\Administrator> net user postgres <password>

• 切换到postgres用户，并根据提示输入上一步中设置的密码

C:\Users\Administrator> runas /user:postgres cmd

• 在弹出的新窗口中启动postgresql服务

C:\Users\Administrator> postgres -D d:\postgresql\data

• 服务启动成功，可以在cmd或python中操作数据库了
  

二、操作使用

1.cmd操作

• 再打开一个cmd终端，创建一个新数据库命名为mols（需要添加conda的环境变量）

C:\Users\Administrator> createdb mols

• 为数据库加载rdkit扩展模块

C:\Users\Administrator> psql –c “create extension rdkit” mols

• 进入mols数据库的交互界面，可以进行增删改查操作了

C:\Users\Administrator> psql mols