NGS 分析流程 （四）

最新推荐文章于 2022-07-29 14:52:43 发布
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分类专栏： NGS
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本文链接：https://blog.csdn.net/dujidan/article/details/109406363
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这篇博客详细介绍了NGS（Next Generation Sequencing）数据分析中的结构变异（SV）调用流程，重点聚焦于svba工具的使用。通过示例代码，展示了如何利用svba进行SV检测，为基因组研究提供了实用指导。
摘要由CSDN通过智能技术生成

NGS 分析流程 （四）

一、Call SV

1.svba

代码如下（示例）：

tumor_bam=$1
ctl_bam=$2
sample_id=$3
ref_fa=$4  # b37_Homo_sapiens_assembly19.fasta
target_bed=$5
task_cpus=$6

svaba run -t ${tumor_bam} -n ${ctl_bam}  -G ${ref_fa} -a
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NGS 分析流程 （二）
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