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流程分析
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名本无名
生物信息工程师,日常工作: Python 和 R 数据处理、分析及可视化等。还有其他。。。
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血浆MSI(bMSI)算法介绍
前言1. bMSISEA构建 baseline1. 计算分布2. 识别覆盖模式3. 构建 baseline预测2. 思路迪方法算法原理1. 计算阈值2. 位点不稳定性1. 数据描述2. 算法原理2.1 位点过滤2.2 位点模型2.3 状态预测在这之前,我们介绍了一个在组织中常用的MSI检测方法,如MSIsensorMANTIS等今天,我们要介绍几种应用于血浆cfDNA样本的MSI状态预测算法。原创 2024-05-26 10:27:56 · 645 阅读 · 0 评论 -
MSI 检测方法概述
MSIsensor是通过MS位点两端各5bp的侧翼序列来定位的,算法原理为对于在肿瘤和正常样本中测序深度都≥20的微卫星位点, 统计其每种重复(repeat)长度的reads数目分布情况;其次, 使用卡方检验对微卫星位点上的分布进行统计检验, 若存在显著差异, 则认为该位点是不稳定的;最后统计不稳定位点的比例, 如果该比例超过指定的阈值, 则认为该样本为MSI-H。原创 2024-05-24 09:47:22 · 832 阅读 · 0 评论 -
RNA-seq 分析流程 —— 概述
接下来我们要介绍的是RNA-seq数据的处理分析流程,根据RNA-seqshort-readlong-read而我们一般的RNA-seq测序数据分析流程算法原创 2024-05-23 09:39:52 · 1365 阅读 · 0 评论 -
Snakemake 搭建分析流程
自动化 NGS 分析流程搭建工具原创 2023-10-24 15:45:59 · 907 阅读 · 0 评论