测序数据处理
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测序数据处理介绍
名本无名
生物信息工程师,日常工作: Python 和 R 数据处理、分析及可视化等。还有其他。。。
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测序数据处理 —— 比对数据处理(Python)
前面详细介绍了比对数据的存储格式,下面我们介绍一下如何在Python中读取或修改比对结果。pysam是一个Python模块,它可以很容易地读取和操作存储在SAM/BAM文件中的比对结果。它是htslibC-API的封装,提供对SAMBAMVCFBCFBEDGFFGTFFASTAFASTQ文件的读写功能,以及访问samtools和bcftools软件包的命令行功能。当前版本封装了和。使用pip进行安装。原创 2024-05-26 09:44:36 · 376 阅读 · 0 评论 -
测序数据处理 —— 注释文件
基因组注释文件主要标注了基因组特征信息,包含基因及转录本在基因组上的位置信息,比如编码区、外显子内含子以及UTR等。我们可以根据这些文件来提取基因组对应的信息,常见的文件格式包括GFFGTF和BED。还有一种变异注释文件,用于记录和描述基因组中变异(如单核苷酸多态性(SNP)、插入和缺失(Indel)等)的详细信息及其功能注释。如VCF或GVF等。原创 2024-05-25 10:44:00 · 304 阅读 · 0 评论 -
测序数据处理 —— 比对数据
一般测序的原始数据需要先对其进行质控过滤,比如去接头,删除低质量的数据等。获得了比较干净的数据之后,就需要将序列比对到参考基因组,获取每条序列的位置信息,比对结果一般会存储为SAM或BAM格式的文件。SAM和BAM是两种相同格式的文件,只是一种是文本形式一种是二进制形式,二进制形式所占的存储空间更小,个人更喜欢用这种格式。SAM) 文件是以TAB作为分隔符的文本文件,分为可选的头部信息以及比对部分,如果包含头部信息,则必须放在比对结果之前。注意SAM文件与BAM文件的坐标系是不一样的,也就是说SAM。原创 2024-05-20 10:17:28 · 695 阅读 · 0 评论 -
测序数据处理 —— 读取序列文件
前面我们介绍了测序中常见的一些序列文件,如FASTAFASTQ和GenBank等。这一节,我们简单介绍一些如何在Python和R中读取这些文件信息。原创 2024-05-18 11:13:56 · 420 阅读 · 0 评论 -
测序数据处理 —— SRA 数据检索
pysradb是用Python编写的工具,提供了许多简单的命令来访问SRA和ENA数据库的测序数据的元数据信息,也可以用它来下载数据。该软件提供的各种ID的转换很好用,对于批量下载数据并需要对应到测序数据的样本编号(GSMXXXXX)时很好用,下面简单介绍一下它的使用。原创 2024-05-16 09:21:10 · 281 阅读 · 0 评论 -
测序数据处理 —— 数据上传
NCBI的重要性不用说明,你知道的,它很重要。在发表文章时,一般都会要求公开文章中使用的数据。例如,将测序数据上传到NCBI的GEO或者SRA服务器中,然后在文章中使用数据库提供的编号,方便其他人检索和使用。下面,我们简单介绍一下NCBI测序数据的上传流程。注意:请确保读完整个文档再开始上传数据,切记!!原创 2024-05-14 09:28:44 · 528 阅读 · 0 评论 -
测序数据处理 —— 介绍
有了前面的基础知识铺垫,现在可以正式进入生物信息的领域。首先,我们先介绍目前应用最广泛的基因测序技术。SangerddNTPDNADNANGSDNADNAPCRDNARNA而“序”字则表明测的对象是什么,是一段段序列,包括DNARNA或蛋白质。DNA测序可用于研究遗传病、肿瘤、微生物学和人类进化等领域;RNA测序可用于研究基因表达、转录组学和疾病诊断等领域;蛋白质测序技术可用于研究蛋白质的组成、结构和功能,是生物医学研究和临床诊断中重要的工具。原创 2024-05-13 09:45:58 · 971 阅读 · 0 评论