Uni-Dock教程：上手体验「1600 ×」加速的分子对接计算

分子对接与 Uni-Dock

分子对接（Docking）方法在药物早期设计阶段的虚拟筛选中具有重要应用，但是随着化学分子库的急速增长，传统的分子对接已经难以在合理成本下处理千万级、亿级数据库的虚拟筛选工作[1]。

2023年6月13日，Uni-Dock: GPU-Accelerated Docking Enables Ultralarge Virtual Screening [2] 作为封面文章在 Journal of Chemical Theory and Computation 上发布。

Uni-Dock 通过充分利用 GPU 并行计算性能和显存空间，结合细致的流程设计调优，在保持计算精度的前提下，在NVIDIA V100 GPU上实现了对比 AutoDock Vina 单核计算超 1600 倍的加速比率，是其他 GPU 加速的分子对接引擎的 10 倍以上，以 0.1s/ligand 的分子对接效率，仅花费不到 12 小时就能完成超 3820 万分子数据库的虚拟筛选工作。更多研究细节，可查看