P-value, qvalue, FDR什么区别？总被审稿人提起的多重假设检验校正是什么？

最新推荐文章于 2025-04-07 18:31:44 发布
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文章标签： 概率论
原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIwODI2NDkxNQ==&mid=2247512091&idx=4&sn=a1d799bbf18ff9158adedd96ae7a91c5&chksm=97073ba7a070b2b1540d879d2736d61d313c68cc1b731e89c29a80790884a257e333ce4b8372&scene=126&sessionid=0
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单次检验的I类错误

假设检验是用于检验统计假设的一种方法，其基本思想是“小概率事件”原理，即小概率事件在一次试验中基本上不会发生。

假设检验的基本方法是提出一个空假设（null hypothesis），也叫做原假设或无效假设，符号是H0。一次检验有四种可能的结果，用下面的表格表示：

c678359af68f63126f967bfbe4b74802.png

  • Type I error，I类错误，也叫做α错误，假阳性。

  • Type II error，II类错误，也叫做β错误，假阴性。

可以通过下面这张图形象的看到差异。

c6d7859aa7901f6fa0cfb9a613806229.png

多次检验使得犯I类错误概率增大

在传统的假设检验中，单个检验的显著性水平或I型错误率 (错误拒绝原假设的概率)为计算出的P-value。但随着检验次数的增加，错误拒绝原假设的概率即I型错误率大大增加。

例如：如果我们进行了m次假设检验，至少有1个假阳性的概率是多少？

错误拒绝原假设的概率 P(Reject H0|H0=True) = α

决策正确的概率 P(No Reject H0|H0=True) = 1-α

P(在m次检验全部决策正确)=(1-α)^m

P(在m次检验中至少一次决策错误) = 1-(1-α)^m

c60bed5a23146cf1a850a0bf5c1b3355.png

随着检验次数的增多，出现至少一次决策错误的概率快速提高。当说起“根据假设检验的次数校正p值”时，意思是控制整体的I型错误率。

例如：当做差异基因检测时，每个基因分别进行检测生成一个p值。如果p值设置为0.05，每个差异基因识别出错的概率为5%。如果同时分析100个基因，按照p<0.05筛选的差异基因中有5个可能是差异不显著的。如果对一组10000个基因进行检测，按照p<0.05筛选的差异基因中有500个可能是差异不显著的。因此，同时进行多次统计检验时，校正每个基因的p值是很重要的。多重检验校正调整每个基因的p值，以使总体错误率小于或等于用户指定的p-cutoff value。

如何进行多重假设检验校正？

Family Wise Error Rate校正法控制假阳性率为0

Family Wise Error Rate是控制全部比较中至少出现一次Type I error的概率，也就是控制假阳性率为0。这是很严格的方式。

通常有两种计算方法：

Bonferroni correction方法

如果要维持整个检测 (做了m次检测)的Type I error rate < 0.05，则需要设定p-value为0.05/m作为筛选标准。反过来，如果我们做了10000次统计检测，采用Bonferroni correction方法校正后的p值就是原始P-value * 10000。

当然，我们也只是借这个方法理解校正的计算方式，实际却不用这个方法。

这对其中任何一个检测是否差异统计显著是不公平的，因为它取决于检测的总数目。一个检测放在有100次检测的操作集合中可能统计显著，而放在有1000次检测的操作集合中可能统计就不显著了，这是不合适的。

Bonferroni adjustments are, at best, unnecessary and, at worst, deleterious to sound statistical inference.

Perneger (1998)

Holm 校正方法

Holm 校正方法相对没有那么严苛。假设针对10000个基因进行了统计检验，对所有的原始P-value进行由小到大的排序分别为p1, p2, ..., p10000，校正后的p为：p1*10000, p2*9999, ..., p10000*1。

FDR校正法：允许一定的假阳性率

在实际应用中，我们希望减少Type I Error出现的可能，但也可以容许一定的假阳性率的存在。

Benjamini and Hochberg FDR (BH)

这是我们最常用的校正P-value控制假阳性率的方式。假设针对10000个基因进行了统计检验，对所有的原始P-value进行由小到大的排序分别为p1, p2, ..., p10000，校正后的FDR为：p1*10000/1, p2*10000/2, ..., p10000*10000/10000。与Bonferroni correction一致的地方是都乘以了检测总数，不一致的地方是BH算法在此基础上除去了各个原始p-value的排序值。

具体计算方式见下表（总检测次数为10次；控制FDR小于0.1）

RankP-valueFDRFDR_formulaReject H0Reject_formula
10.00080.008=B2*10/A2TRUE=C2<0.1
20.0090.045=B3*10/A3TRUE=C3<0.1
30.1650.55=B4*10/A4FALSE=C4<0.1
40.2050.5125=B5*10/A5FALSE=C5<0.1
50.3960.792=B6*10/A6FALSE=C6<0.1
60.450.75=B7*10/A7FALSE=C7<0.1
70.6410.915714286=B8*10/A8FALSE=C8<0.1
80.7810.97625=B9*10/A9FALSE=C9<0.1
90.91=B10*10/A10FALSE=C10<0.1
100.9930.993=B11*10/A11FALSE=C11<0.1

BH法有时也称fdr法，是我们最常用的多重假设检验校正方法，可以很好的控制假阳性率和维持统计检出力。R函数p.adjust可用来计算一组p-value校正后的fdr值。(DESeq2中返回的padj也是用BH方法控制的FDR)

q-value是什么？

q-value是Storey和Tibshirani提出的基于p-value分布的FDR计量方法，具体见什么，你算出的P-value看上去像齐天大圣变的庙？。

如何尽量减少统计检验次数

我们看到上面的校正方法多于统计检测次数有关，统计检测次数越多，校正也会越强烈。有没有合适的办法来规避一些无意义的统计检验呢？

  • WGCNA方法通过把基因聚类为模块再进行统计分析，大大降低了统计检验次数，具体见WGCNA分析，简单全面的最新教程

  • GSEA、GO等富集分析时合并相似的GO/KEGG通路再进行富集分析，如一文掌握GSEA，超详细教程中提到的合并共有基因数目超过70%的通路。

  • 差异基因分析时过滤掉极低表达的基因 (低表达基因通常生物意义小或检测噪声大，即便有差异也难分清是生物差异还是技术差异)，如高通量数据中批次效应的鉴定和处理 - 系列总结和更新提到的方法。

    DESeq2中还额外进行了independent filtering进行进一步过滤提高统计检出率。

    没有通过过滤标准的基因校正后的padj赋值为NA (这也是之前总被问起的DESeq2结果中NA的来源)。

如何获得更小更稳定的检测P-value

References

  1. http://www.nonlinear.com/support/progenesis/comet/faq/v2.0/pq-values.aspx

  2. https://www.statisticssolutions.com/to-err-is-human-what-are-type-i-and-ii-errors/

  3. https://www.nature.com/articles/nbt1209-1135

  4. https://en.wikipedia.org/wiki/Multiple_comparisons_problem

  5. https://www.stat.berkeley.edu/~mgoldman/Section0402.pdf

  6. http://www.biostathandbook.com/multiplecomparisons.html

  7. http://nebc.nerc.ac.uk/courses/GeneSpring/GS_Mar2006/Multiple%20testing%20corrections.pdf

  8. https://www.gs.washington.edu/academics/courses/akey/56008/lecture/lecture10.pdf

  9. http://www.stat.columbia.edu/~gelman/research/published/multiple2f.pdf


 
 
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p ：将宿主机端口与容器端口映射，冒号左侧是宿主机端口，右侧是容器端口（配置映射是因为用户只能通过 http 请求访问到服务器，不能直接访问到对应的容器，因此需要服务器端口与容器端口建立映射关系）这里我们有两种启动 redis 的方式，第一种是直接启动 redis ，第二种是以 AOF 持久化的方式启动容器（--appendonly yes），如下图。如果需要持续查看日志信息可以添加 -f 参数，例如：docker logs -f mn ，这里 mn 是自定义容器名称， ctrl + c 可以停止跟踪。

			
		

	



              


  
              

                


	

		

			

				
					
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设置 Docker 容器的自动重启策略及更新已有容器的重启策略


systemctl enable docker

2、设置容器自动重启

1）创建容器时设置


docker run -d--restart=always --name 设置容器名 使用的镜像
（上面命令  --name后面两个参数根据实际情况自行修改）
--restart具体参数值详细信息：
 no　　　　　　　　容器退出时，不重启容器；
 on-failure　　  只有在非0状态退出时才重新启动容器；
 always　　　　　...

			
		

	





	

		

			

				
					
超详细docker基础教程(全)

				
			

			

				

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Docker详细介绍

					
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Docker 是一种开源的容器化平台，旨在简化应用程序的开发、部署和运行过程。它提供了一种轻量级、可移植和自包含的容器化环境，使开发人员能够在不同的计算机上以一致的方式构建、打包和分发应用程序。容器（Container）：容器是 Docker 的基本部署单元。它是一个轻量级的、独立的运行时环境，包含应用程序及其相关依赖。容器利用 Linux 内核的命名空间和控制组技术，实现了隔离性和资源管理，使得应用程序在不同的容器中运行不会相互影响。镜像（Image）：镜像是用于创建容器的模板。

			
		

	





	

		

			

				
					
Docker 使用指南 (一)—— 基本操作

				
			

			

				

					qian_xiaoqian的博客
				

				

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Docker 是一个能够把开发应用程序自动部署到容器的开源引擎。它由Docker公司的团队编写，基于Apache 2.0开源协议授权。它提供了

			
		

	





	

		

			

				
					
docker学习入门篇

				
			

			

				

					mijichui2153的博客
				

				

					03-08
					
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docker官网：  www.docker.comdockerhub官网： hub.docker.comdocker文档官网：docs.docker.comDocker是基于Go语言实现的云开源项目。Build, Ship and Run Any App, Anywhere(构建，装载任何应用在任何地方)，也就是通过对应用组件的封装、分发、部署、运行等生命周期的管理，使用户的APP及其运行环境能做到一次镜像,处处运行。

			
		

	





	

		

			

				
					
Docker 使用教程

				
			

			

				

					鸟欲高飞先振翅，人求上进先读书
				

				

					02-14
					
					1525
					
				

			

		

		

			
				
概括 
 Docker与传统虚拟机的区别 与传统虚拟机的区别 
 Docker的安装 的安装 
 Docker daemon ， client ， containerd 
 镜像与容器操作 
 容器运行配置 
 Docker网络配置 网络配置 
 Alpine Docker Image 
 制作自己的 Docker Image 
 Docker安全性问题 安全性问题 
 Dock

			
		

	





	

		

			

				
					
Docker 教程

				
			

			

				

					吴吃辣
				

				

					07-02
					
					666
					
				

			

		

		

			
				
Docker已经像野火一样席卷了整个行业，并对新一代应用程序的开发产生了很大影响。本教程介绍Docker容器的各个方面。从Docker的基础知识(Docker的安装和配置)开始，逐步转向网络等高级主题。
面向的学习者
Docker初学者。
预备知识
学习者应该具备计算机操作系统基础知识。

章节Docker 介绍
Docker 和虚拟机的区别
Docker 安装
Docker Hub
Docker...

			
		

	





	

		

			

				
					
Docker使用教程（全网最全面，看完包会）

				
			

			

				

					weixin_45533366的博客
				

				

					08-06
					
					6779
					
				

			

		

		

			
				
Docker 是一个开源的容器化平台，旨在简化应用程序的开发、交付和运行。它允许开发者将应用程序及其所有依赖项打包到一个轻量级的、可移植的容器中，从而确保在不同环境中（如开发、测试和生产）都能一致地运行。

			
		

	





	

		

			

				
					
Docker入门基础使用教程汇总（全是干货，简单实用）

				
			

			

				

					liuwfeii的专栏
				

				

					07-24
					
					1万+
					
				

			

		

		

			
				
微服务虽然具备各种各样的优势，但服务的拆分通用给部署带来了很大的麻烦。分布式系统中，依赖的组件非常多，不同组件之间部署时往往会产生一些冲突。在数百上千台服务中重复部署，环境不一定一致，会遇到各种问题1.1.1.应用部署的环境问题依赖关系复杂，容易出现兼容性问题开发、测试、生产环境有差异正在上传…重新上传取消例如一个项目中，部署时需要依赖于node.js、Redis、RabbitMQ、MySQL等，这些服务部署时所需要的函数库、依赖项各不相同，甚至会有冲突。给部署带来了极大的困难。

			
		

	





	

		

			

				
					
docker 使用教程

				
			

			

				

					04-10
				

			

		

		

			
				
docker容器虚拟化 .Docker 容器通过 Docker 镜像来创建

			
		

	





	

		

			

				
					
Docker 入门到实战教程.docx

				
			

			

				

					01-30
				

			

		

		

			
				
docker

			
		

	





	

		

			

				
					
docker 入门实战

				
			

			

				

					11-10
				

			

		

		

			
				
Docker是一个开源的引擎，可以轻松的为任何应用创建一个轻量级的、可移植的、自给自足的容器。开发者在笔记本上编译测试通过的容器可以批量地在生产环境中部署，包括VMs（虚拟机）、bare metal、OpenStack 集群和...

			
		

	





	

		

			

				
					
docker入门实战

				
			

			

				

					04-04
				

			

		

		

			
				
docker入门指南docker入门指南docker入门指南docker入门指南docker入门指南

			
		

	





	

		

			

				
					
Docker基础入门到实战.zip

				
			

			

				

					03-26
				

			

		

		

			
				
Docker基础入门到实战 01.Docker基本概念和框架 02.Docker的安装和部署 03.Docker容器 04.Docker镜像与仓库（一） 05.Docker客户端和守护进程 06.Docker镜像与仓库（二） 07.Docker容器的网络连接 08.Docker容器的...

			
		

	





	

		

			

				
					
docker入门到实战

				
			

			

				

					03-22
				

			

		

		

			
				
Docker 入门到实战  本资源摘要信息涵盖了 Docker 的基本概念、架构、应用场景、优点、架构组件、与虚拟机的区别等方面的知识点。  Docker 简介 Docker 是一个开源的应用容器引擎，基于 Go 语言并遵从 Apache2.0 ...

			
		

	





	

		

			

				
					
docker学习使用教程

				
			

			

				

					晓风残月淡的博客
				

				

					03-10
					
					2004
					
				

			

		

		

			
				
Docker 是一个开源的应用容器引擎，基于 Go 语言 并遵从 Apache2.0 协议开源。Docker 可以让开发者打包他们的应用以及依赖包到一个轻量级、可移植的容器中，然后发布到任何流行的 Linux 机器上，也可以实现虚拟化。容器是完全使用沙箱机制，相互之间不会有任何接口（类似 iPhone 的 app）,更重要的是容器性能开销极低。多数技术人员在谈到Docker时，主要是指Docker引擎。Docker引擎是用于运行和编排容器的基础设施工具。我们可以通过Dockerfile。

			
		

	





	

		

			

				
					
Docker 入门教程

				
			

			

				

					Docker的专栏
				

				

					02-11
					
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2013年发布至今， Docker 一直广受瞩目，被认为可能会改变软件行业。但是，许多人并不清楚 Docker 到底是什么，要解决什么问题，好处又在哪里？本文就来详细解释，帮助大家理解它，还带有简单易懂的实例，教你如何将它用于日常开发。一、环境配置的难题软件开发最大的麻烦事之一，就是环境配置。用户计算机的环境都不相同，你怎么知道自家的软件，能在那些机器跑起来？用户必须保证两件事：操作系统的设置，各

			
		

	





	

		

			

				
					
橙点同学智能网联车安全员高级答案

				
			

			

				

					03-29
				

			

		

		

			
				
智能网联汽车的安全员高级考试涉及多个方面的专业知识，包括但不限于自动驾驶技术原理、车辆传感器融合、网络安全防护以及法律法规等内容。以下是针对该主题的一些核心知识点解析：

### 关于智能网联车安全员高级考试的核心内容

#### 1. 自动驾驶分级标准
国际自动机工程师学会（SAE International）定义了六个级别的自动驾驶等级，从L0到L5[^1]。其中，L3及以上级别需要安全员具备更高的应急处理能力。

#### 2. 车辆感知系统的组成与功能
智能网联车通常配备多种传感器，如激光雷达、毫米波雷达、摄像头和超声波传感器等。这些设备协同工作以实现环境感知、障碍物检测等功能[^2]。

#### 3. 数据通信与网络安全
智能网联车依赖V2X（Vehicle-to-Everything）技术进行数据交换，在此过程中需防范潜在的网络攻击风险，例如中间人攻击或恶意软件入侵[^3]。

#### 4. 法律法规要求
不同国家和地区对于无人驾驶测试及运营有着严格的规定，考生应熟悉当地交通法典中有关自动化驾驶部分的具体条款[^4]。

```python
# 示例代码：模拟简单决策逻辑
def decide_action(sensor_data):
    if sensor_data['obstacle'] and not sensor_data['emergency']:
        return 'slow_down'
    elif sensor_data['pedestrian_crossing']:
        return 'stop_and_yield'
    else:
        return 'continue_driving'

example_input = {'obstacle': True, 'emergency': False, 'pedestrian_crossing': False}
action = decide_action(example_input)
print(f"Action to take: {action}")
```

需要注意的是，“橙点同学”作为特定平台上的学习资源名称，并不提供官方认证的标准答案集；建议通过正规渠道获取教材并参加培训课程来准备此类资格认证考试。

			
		

	



              




          




        



    





    



      

      

        
      

      





	

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