环境:Windows 10
参考:医学方的技术贴。嗯,其实过程挺简单的。
1 准备工作
已经申请并验证好physionet的账号和使用权限,并拿到培训证书。
开代理,下载好mimicIII的所有压缩包。
解压好所有的csv。
下载https://github.com/MIT-LCP/mimic-code。
下载并安装好windows版PostgreSQL。
下载并安装好Navicat Premium。
2 导csv入数据库
大概使用这些代码就行
## 因为是刚安装的软件,直接
CREATE DATABASE mimic OWNER postgres;
\c mimic
## 建立所有表格
\i C:/mimicbuild/postgres_create_tables.sql
# 遇到错误停止
\set ON_ERROR_STOP 1
# 注意,这是一个坑,注意查看mimic表的位置
SET search_path TO public;
# 设置csv所在位置,这是原文第二个坑; \cd 后面的文件夹路径
\set mimic_data_dir 'C:/mimiciii'
# 开始导入csv所有数据,耗时慢
\i C:/mimicbuild/postgres_load_data.sql
# 设置索引
\i C:/mimicbuild/postgres_add_indexes.sql
# 检查数据完整性
\i C:/mimicbuild/postgres_checks.sql
最后运行完checks,看到下面这个验证全部通过即表明建库成功。
至此建库完毕。辛苦我这破旧的老电脑,花了几个小时才完成。
下面就可以开始数据挖掘了。
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