如何处理：客户介入到项目代码开发中来

客户（政府部门）里新来的员工，北大研究生，在新浪网做过两年编辑，考上公务员，2010年下半年分配上岗。科室领导让他管理（作为客户方）一个已经基本完成的项目，可能采用的开发技术比较通俗易懂，看了几天代码后，就自已开始修改起来了。
提醒他几次，不要介入到里面来，并和科室领导反映这个情况，科室领导反而对他能自已进行修改表示欣赏，正是无语了。要知道是在实际运行环境上啊。