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RSS订阅转载 PyVCF
抄自：https://www.cnblogs.com/nkwy2012/p/9204088.htmlvcf文件的全称是variant call file，即突变识别文件，它是基因组工作流程中产生的一种文件，保存的是基因组上的突变信息。通过对vcf文件进行分析，可以得到个体的变异信息。嗯，总之，这是很重要的文件，所以怎么处理它也显得十分重要。它的文件信息如下：文件的开头是一堆以“##”开...
2018-11-05 10:57:38
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转载 pip使用豆瓣的镜像源
抄自：https://www.cnblogs.com/ZhangRuoXu/p/6370107.htmlpip使用豆瓣的镜像源豆瓣镜像地址：https://pypi.douban.com/simple/虽然用easy_install和pip来安装第三方库很方便它们的原理其实就是从Python的官方源pypi.python.org/pypi 下载到本地，然后解包安装。不过因为某些原因...
2018-08-16 10:04:15
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转载 BWT (Burrows–Wheeler_transform)数据转换算法
原网址：https://blog.csdn.net/luanzheng_365/article/details/78575429BWT (Burrows–Wheeler_transform)数据转换算法1.什么是BWT 压缩技术主要的工作方式就是找到重复的模式，进行紧密的编码。 BWT(Burrows–Wheeler_transform)将原来的文本转换为一个相似的文本，转换...
2018-08-03 12:24:33
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转载 基于统计的压缩算法：游程编码
原网址：http://www.cnblogs.com/xudong-bupt/p/3761417.html基于统计的压缩算法：游程编码1.游程编码概念 游程编码又称“运行长度编码”或“行程编码”，是一种统计编码，该编码属于无损压缩编码。2.基本原理 用一个符号值和串长代替具有相同值的连续符号，使符号长度少于原始数据的长度。 如： 原始文本：dfffffeeee...
2018-08-03 12:22:39
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转载 堆
堆是什么？是一种特殊的完全二叉树，就像下面这棵树一样。 有没有发现这棵二叉树有一个特点，就是所有父结点都比子结点要小（注意：圆圈里面的数是值，圆圈上面的数是这个结点的编号，此规定仅适用于本节）。符合这样特点的完全二叉树我们称为最小堆。反之，如果所有父结点都比子结点要大，这样的完全二叉树称为最大堆。那这一特性究竟有什么用呢？ 假如有14个数分别是99、...
2018-07-18 17:26:41
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原创 使用selenium时遇到WebDriverException
使用selenium时遇到：WebDriverException: 'chromedriver' executable needs to be in PATH. Please see https://sites.google.com/a/chromium.org/chromedriver/home使用谷歌浏览器，下载最新版的chromedriver，http://chr
2018-04-17 13:56:43
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转载 django模型内部类meta详细解释
python django模型内部类meta详细解释Django 模型类的Meta是一个内部类，它用于定义一些Django模型类的行为特性。下面对此作一总结：abstract 这个属性是定义当前的模型类是不是一个抽象类。所谓抽象类是不会相应数据库表的。一般我们用它来归纳一些公共属性字段，然后继承它的子类能够继承这些字段。比方以下的代码
2018-04-03 14:11:07
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转载 django的models模型类的常用数据类型和选项
转：https://www.cnblogs.com/Lin-Yi/p/7515584.htmldjango的models模型类的常用数据类型和选项django框架的models模块ORM框架，能够让我们通过编写类的方式，帮助我们自动生成数据库表。生成的数据库表名为 应用模块名称_类名数据库表中字段名 如果我们没有在参数中指定，就是我们写的类属性名。通过编写类
2018-04-02 09:22:29
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转载 python array模块
>>> import array#定义了一种序列数据结构>>> help(array) #创建数组，相当于初始化一个数组，如：d={},k=[]等等 array(typecode [, initializer]) -- create a new array #a=array.array('c')，决定着下面操作的是字符，并是单个字符 #a=array.array
2018-03-20 09:23:20
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转载 基本套接字编程
转：http://blog.csdn.net/fly_yr/article/details/50387065点击打开链接1. Socket简介Socket是进程通讯的一种方式，即调用这个网络库的一些API函数实现分布在不同主机的相关进程之间的数据交换。几个定义：（1）IP地址：即依照TCP/IP协议分配给本地主机的网络地址，两个进程要通讯，任一进程首先要知道通讯
2018-02-24 10:15:29
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转载 python3中各个字符编码的转换
转：https://www.cnblogs.com/ccnaie/p/6832430.htmlpython3中各个字符编码的转换a='我很好' ####python3 默认的编码为unicode###unicode>gb2312unicode_gb2312=a.encode('gb2312') ###因为默认是unicode所以不需要decode()，直接encode
2018-01-31 16:51:48
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转载 python os模块和shutil 模块
转：http://www.jb51.net/article/50070.htm# os 模块os.sep 可以取代操作系统特定的路径分隔符。windows下为 '\\'os.name 字符串指示你正在使用的平台。比如对于Windows，它是'nt'，而对于Linux/Unix用户，它是 'posix'os.getcwd() 函数得到当前工作目录，即当前Python脚本工作的目录
2018-01-12 09:37:20
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转载 itemgetter函数：对字典列表进行多键排序
转：http://www.cnblogs.com/gongxr/p/7291714.htmlitemgetter函数：对字典列表进行多键排序 1 from operator import itemgetter 2 3 list_people = [ 4 {'name': 'Mike', 'age': 22, 'score': 90}, 5 {'name
2018-01-12 09:26:38
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转载 makefile的选项CFLAGS、CPPFLAGS、LDFLAGS和LIBS的区别
转自：http://www.blogjava.net/void241/archive/2012/05/07/377564.htmlLDFLAGS是选项，LIBS是要链接的库。都是喂给ld的，只不过一个是告诉ld怎么吃，一个是告诉ld要吃什么。网上不难搜索到上面这段话。不过“告诉ld怎么吃”是什么意思呢？看看如下选项：LDFLAGS = -L/var/xxx/lib
2017-12-05 10:12:21
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转载 Ubuntu下JNI的简单使用
转载：http://blog.csdn.net/fengqiaoyebo2008/article/details/6210499fatal error: jni.h: No such file or directory1、创建一个java文件（HelloWorld.java）。 [java] view plain cop
2017-12-04 16:39:04
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转载 argparse - 命令行选项与参数解析
转载：http://blog.xiayf.cn/2013/03/30/argparse/argparse模块作为optparse的一个替代被添加到Python2.7。argparse的实现支持一些不易于添加到optparse以及要求向后不兼容API变化的特性，因此以一个新模块添加到标准库。与optparse相比较argparse的API类似于optpar
2017-11-24 09:28:08
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转载 QIIME Installation Guide
QIIME Installation GuideInstalling QIIME on Mac OS X and Linux using MinicondaQIIME consists of native Python 2 code and additionally wraps many external applications. These instructions descr
2017-11-17 16:39:10
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转载 Linux下非ROOT权限安装MySQL
抄自：http://www.leoox.com/?p=256以前一直不太会安装MySQL，尤其是没有ROOT权限的情况下，在自己的普通个人用户里安装MySQL，总会遇到各种各样的问题。一百度，发现基本上都是root用户里面安装MySQL的分享。但今天在一个个人开发环境里需要安装MySQL，没有root权限的情况下，自己按照之前安装WordPress环境时的经验，竟然顺利的安装成功了。这就是所谓
2017-11-14 13:12:49
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转载 TopHat
https://ccb.jhu.edu/software/tophat/manual.shtmlManualWhat is TopHat?PrerequisitesUsing TopHatWhat is TopHat?TopHat is a program that aligns RNA-Seq reads to a genome in
2017-11-06 10:04:14
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转载 wget 命令
抄自：http://doc.orz520.com/a/doc/2011/0526/2035350.html?from=haosouWget是一个十分常用命令行下载工 具，Wget使用格式如下： #wget [选项] [下载地址] Wget常用参数 -b：后台下载，Wget默认的是把文件下载到当前目录。 -O：将文件下载到指定的目录中。
2017-11-06 09:34:04
2064
转载 hg18vshg19转换工具
(BED or chrN:start-end formats): (BED or chrN:start-end formats):http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLiftOver http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLiftOver
2017-10-09 14:07:02
2207
转载 RNA-Seq基因组比对工具HISAT2
RNA-Seq基因组比对工具HISAT2转自：http://blog.biochen.com/archives/337HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者，使用改进的BWT算法，实现了更快的速度和更少的资源占用，作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2。官网：https://ccb.jhu.edu/software/
2017-09-29 13:33:15
10385
转载 SOAPfuse 安装
抄自：http://www.bio-info-trainee.com/tag/soapfuse一，软件安装软件下载地址：https://sourceforge.net/projects/soapfuse/files/SOAPfuse_Package/SOAPfuse-v1.27.tar.gz下载压缩包，解压后即可使用。将s
2017-09-11 15:17:47
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转载 .bash_profile和.bashrc的区别
转自：http://blog.163.com/wang_hai_fei/blog/static/309020312008728333912//etc/profile:此文件为系统的每个用户设置环境信息,当用户第一次登录时,该文件被执行.并从/etc/profile.d目录的配置文件中搜集shell的设置./etc/bashrc:为每一个运行bash shell的用户执行此文件.当bas
2017-09-11 08:49:04
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转载 use python to sendmail
文件形式的邮件[python] view plaincopy#!/usr/bin/env python3 #coding: utf-8 import smtplib from email.mime.text import MIMEText from email.header import Header sende
2017-08-02 17:14:19
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转载 PyPDF2
安装直接使用 pip 安装就可以了pip install PyPDF2PyPDF2 包含了 PdfFileReader PdfFileMerger PageObject PdfFileWriter 四个常用的主要 Class。 简单读写 PDFfrom PyPDF2 import PdfFileReader, PdfFileWriterinfn = 'infn.pdf'outfn = 'out...
2017-07-28 14:25:02
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转载 Python 和 R 数据分析/挖掘工具互查
Python 和 R 数据分析/挖掘工具互查转载：https://segmentfault.com/a/1190000005041649如果大家已经熟悉python和R的模块/包载入方式，那下面的表查找起来相对方便。python在下表中以模块.的方式引用，部分模块并非原生模块，请使用pip install *安装；同理，为了方便索引，R中也以::表示了函数以及函数所在包的名字，
2017-07-20 17:58:24
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转载 annovar对人类基因组和非人类基因组variants注释流程
annovar对人类基因组和非人类基因组variants注释流程转自：http://blog.csdn.net/u013816205/article/details/51262289此文只是用于作者和所有初接触annovar软件者分享交流。更深入学习请仔细阅读全文。转载请注明。ANNOVAR是一个perl编写的命令行工具，能在安装了perl解释器的多种操作系统上执行。允
2017-07-18 14:52:53
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转载 mysql-python安装时EnvironmentError: mysql_config not found
在安装 mysql-python时，会出现：sh: mysql_config: not foundTraceback (most recent call last): File "setup.py", line 15, in metadata, options = get_config() File "/home/zhxia/apps/source/MySQL-py
2017-07-10 17:02:12
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转载 linux 关机命令
linux 关机命令在linux命令中reboot是重新启动，shutdown -r now是立即停止然后重新启动，都说他们两个是一样的，其实是有一定的区别的。shutdown命令可以安全地关闭或重启Linux系统，它在系统关闭之前给系统上的所有登录用户提示一条警告信息。该命令还允许用户指定一个时间参数，可以是一个精确的时间，也可以是从现在开始的一个时间段。 精确时间的格式是hh:m
2017-06-26 10:51:02
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转载 python命令行解析工具argparse模块
转自： http://www.cnblogs.com/fireflow/p/4841389.htmlpython命令行解析工具argparse模块【1】 argparse是python中很好用的一个命令行解析模块，使用它我们可以很方便的创建用户友好型命令行程序。而且argparse会自动生成帮助信息和错误信息。一、示例 例如下面的例子，从命令行中获取几个
2017-06-16 15:22:22
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转载 Linux scp 使用详解
Linux scp 使用详解 转自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_60be437a0100erge.html一般情况，本地网络跟远程网络进行数据交抱，或者数据迁移，常用的有三种方法，一是ftp,二是wget /fetch 三是，rsync 大型数据迁移用rysync，其次用fetch/wget ，最次是ftp，最慢是ftp.这几天
2017-06-15 13:16:15
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转载 lftp使用
lftp的功能比较强大，相比原来用ftp，方便了很多。1、登陆：lftp ftp://yourname@sitepwd:*****或 open ftp://yourname@site 2、基本操作（转）lftp使用介绍lftp 是一个功能强大的下载工具，它支持访问文件的协议: ftp, ftps, http, https, hftp,
2017-04-20 11:04:33
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原创 用移动硬盘拷数据到Linux下
用移动硬盘拷数据到Linux下。1、 LINUX系统启动登陆后插入移动硬盘2、sudo fdisk -l命令显示磁盘信息，如Disk /dev/sdc: 1000.2 GB, 1000204885504 bytes255 heads, 63 sectors/track, 121601 cylindersUnits = cylinders of 16065 * 512 = 8
2017-04-06 11:44:40
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转载 利用awk去除重复行
利用awk去除重复行 1 如果仅仅是删除内容完全一样重复行 则可以使用sort先进行排序 然后使用 uniq进行删除重复数据即可例如 CUST.TXTTxt代码 130000006800,17,151,01,250100 130000006800,17,151,01,250101 1300001077,17,151,01
2017-04-06 09:23:44
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转载 linux 下安装blat软件
linux 下安装blat软件blat是一款很经典的比对工具，与blast相比，具有速度快、共线性输出比对结果等优点。但是，blat源码包里面的README文件写得很不清楚，这里，我来提供一份详细的安装文档。0、下载地址：http://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/1、解压 blastSrc.zip文件夹，并进入blastSrc；
2017-04-06 08:58:22
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转载 KAPPA一致性
Kappa检测用于测量两次判断的一致性，即两个判断的结果是否相似。具体如下图（图片取自http://blog.sina.com.cn/s/blog_4aa4593d0100rwjd.html）表格类似于一个混淆矩阵，第一行第一个数‘4’表示R1和R2都判断为1的个数，第一行第二个数表示"R1判断为1而R2判断为2"的个数，其他类似。最后的计算方法下图也有表示对于用Kappa值判
2017-03-14 10:05:07
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转载 五大经典查找（中）
转自：http://www.cnblogs.com/huangxincheng/archive/2011/11/24/2261074.html大家可否知道，其实查找中有一种O(1)的查找，即所谓的秒杀。 哈希查找： 对的，他就是哈希查找，说到哈希，大家肯定要提到哈希函数，呵呵，这东西已经在我们脑子里面形成固有思维了。大家一定要知道“哈希“
2017-02-24 10:12:37
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转载 五大经典查找（上）
转自：http://www.cnblogs.com/huangxincheng/archive/2011/11/20/2256351.html在我们的生活中，无处不存在着查找，比如找一下班里哪个mm最pl，猜一猜mm的芳龄....... 对的这些都是查找。 在我们的算法中，有一种叫做线性查找。分为：顺序查找。 折半查找。
2017-02-24 10:07:54
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空空如也
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