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原创 perl应用:DNA序列酶切图谱的创建
程序里面有很多小的知识点,大家要认真的看,才能发现:a.fasta的DNA序列如下:> sample dna | (This is a typical fasta header.) agatggcggcgctgaggggtcttgggggctctaggccggccacctactgg tttgcagcggagacgacgcatggggcctgcgcaatagg
2012-10-30 23:09:10 2748 2
原创 年轻人,你何必着急
博士第二年,其实博士生涯开始也没多久,我突然想放弃了,为此挣扎起来,虽然挣扎的时间并不长,但是这个想法就像伊甸园的苹果,不断诱惑我,刺激我,左右着我的情绪。但是到了现在,逐渐淡了,我想我会继续坚持下去,拿到博士学位。我把我的这段心路历程记录下来,也许以后迷茫的时候,可以再翻翻。得益于发达的网络媒体,这个时代比以往任何时候都更充满诱惑,看到以前的同学往返于国内外,周末出去游山玩水,喝
2012-10-27 09:11:08 1789 7
原创 使用子程序的优点
子程序的作用: 1 降低复杂性:使用子程序的最首要原因是为了降低程序的复杂性,可以使用子程序来隐含 信息,从而使你不必再考虑这些信息。 2 避免代码段重复:无可置疑,生成子程序最普遍的原因是为了避免代码段重复。 3 限制改动带来的影响:由于在独立区域进行改动,因此,由此带来的影响也只限于一个或最多几个区域中。要把最可能改动的区域设计成最容易改动的区域。最可能被改动的区域包括:硬件依赖部
2012-10-24 16:43:55 8750
原创 perl应用:六框阅读翻译DNA序列
生物学知识:1.六框翻译 因为DNA为双链, 平时从NCBI等里面得到的只是其中的一条链,还有一个互补链没有结出. 先从一条链讲起, 如此链为ACGATGCCG....则现在有以下三种读法:第一种,ACG/ATG/CCG.... 第二种,把A看做前面的部分,则为A/CGA/TGC/CG..... 第三种,把AC看做是前面的部分,则为AC/GAT/GCC/G...
2012-10-24 16:17:35 5570 2
原创 perl应用:DNA互补序列的获取
sub revcom{ # A subroutine to compute the reverse complement of DNA sequence # 一个获取DNA互补序列的子程序 my($dna)=@_; print $dna."\n"; my ($revcom)=reverse($dna); $revcom=~tr/ACGTacgt/TGCAtgca/; return
2012-10-24 16:06:58 5598 1
原创 perl应用:DNA序列翻译(下):从fasta格式中读取序列,然后输出蛋白质序列,以及fasta格式的介绍
use strict; use warnings; my $dna =''; my $protein =''; my @file_data=( ); my @filedata; @filedata = get_file_data();$dna = extract_sequence_from_fasta_data(@filedat
2012-10-23 22:45:43 12155 3
原创 你必须非常努力,才能看起来毫不费力
有一群人,他们积极自律,每天按计划行事,有条不紊;他们不张扬,把自己当成最卑微的小草,等待着人生开出花朵的那天。他们早晨5点多起来健身,你在睡觉;7点开始享受丰盛的早餐,蛋白质维生素淀粉粗纤维样样俱全,为新的一天起了一个好头,当他们收拾妥当准备开始一整天的工作时,你还在睡觉;他们用上午的高效时间完成了一个又一个任务,甚至发现的新的商机,发现了有可能给人生带来改观的机遇,当午餐时间临
2012-10-22 21:47:48 1892 3
原创 vim代码折叠indent折叠,maker折叠
indent折叠方法在.vimrc文件中添加设置: set foldmethod=indent这个就是以缩进进行折叠indent折叠命令indent方式,vim会自动利用缩进进行折叠,我们可以使用现成的折叠成果.以大括号进行折叠我们可以在折叠处输入以下命令:zc 折叠zC 对所在范围内所有嵌套的折叠点进行折叠zo 展开折叠zO 对所在范围
2012-10-22 20:51:51 3158 2
原创 perl:编码规范;严格要求自己
PERL编码规范 目录目录目 录...................................................................................................................................................III1
2012-10-22 20:22:37 3011
原创 perl应用:DNA序列翻译为蛋白质的完整程序(中)
use warnings;use strict;my $dna='cgacgtcttcgtacgggactagctcgtgtcggtcgc';my $protein=' ';my $codon;for(my $i=0; $i<(length($dna)-2);$i+=3){ $codon=substr($dna,$i,3); $protein.=codon2aa($codon)
2012-10-22 20:17:46 6304
原创 perl:DNA序列翻译成氨基酸序列的若干方法,直接法,简并法,哈希法,以及perl中的uc和lc函数(上)
1.直接转换法use warnings;use strict;#利用perl来进行DNA序列到氨基酸序列的翻译,我们来介绍一下几种方法:#第一种方法:#DNA序列和氨基酸序列通过密码子来联系,密码子一共有61个,蛋白质有20个#第一种方法也就是最简单的方法,就是建立一一对应的关系# A subroutine to translate a DNA 3-character
2012-10-22 18:48:23 10243
转载 欲望、外界、标签、天才、时间、经历、人生目标、后悔、和现实。转自特种兵—AK47
今天是 22 岁的最后一天。几个月前,我从沃顿商学院毕业,用文凭上“最高荣誉毕业”的标签安抚了已经年过半百的老妈,然后转头辞去了毕业后的第一份工作,跟一家很受尊敬的公司、还有 150 万的年薪道了别,回到了上海,加入了“刚毕业就失业”俱乐部,开始了一天三顿盒饭的新生活,中间许多精彩剧情暂时略过。 我肯定不是第一个做过这样事的人,也肯定不会是最后一个。所以在说自己的一些有趣故事前,我想借用大家(包
2012-10-20 10:59:24 1975
原创 vim正则表达式
1. / (搜索)命令2.:s/正则表达式/替换字符串/选项3.元字符: .匹配任意一个字符[abc]匹配方括号中的任意一个字符。可以使用-表示字符范围,如[a-z0-9]匹 配小写字母和阿拉伯数字。[^abc]在方括号内开头使用^符号,表示匹配除方括号中字符之外的任意字符。\d匹配阿拉伯数字,等同于[0-
2012-10-20 10:00:56 1457
原创 perl哈希要点,哈希与数组的关系以及相互转化,哈希结构的转化(键值转换),测试关键字,
use strict;use warnings;my %movies;my $film;my %reverse_result;my $director;my @data;%movies =( 'The Shining' => 'Kubrick', 'Ten Commandments' => 'DeMille', 'Goonies' =>
2012-10-19 23:04:48 7387
转载 Perl风格:各有所爱
*风格问题很容易变成信仰问题。*我要告诉你们的绝大部分是个人意见。其中既有泛泛之论,也有指路明灯。*警告:我不一定总是按自己说的做!:)*我并不期望你们永远和我保持一致。选择一种风格,坚持下去。连贯性才是最重要的!*K&P, K&R, S&W, Rob Pike, 和Larry Wall的基础性工作对本文有间接贡献。Jon Orwant, Mark-Jason Dominus,
2012-10-19 10:20:16 3360
原创 指定长度,生成一个随机的DNA序列
use strict;use warnings; #进行定义my @dna;my $dna_length;my $newbase;my $i=0;print "please input the DNA length\n";chomp($dna_length=<>);while($i<$dna_length){ #从四个碱基中
2012-10-17 20:41:50 9535
原创 关于随机模拟DNA突变的反思
在上一篇文章中,我们随机选取了DNA的一个位置,然后从四个碱基中随机选取了一个碱基,然后用我们随机选取的碱基对DNA某一个位置上碱基进行替换。我们来考虑一下,这个过程中有没有什么问题存在。突变是否真的产生了?大家可以从上一篇文章中观察到其中的几行的输出结果是一样的。是什么造成了这种结果:我们来想一想,我们选取的DNA序列中碱基和我们从四个碱基中选取的碱基,在我们的程序中没有进行特别
2012-10-17 19:14:25 2273
原创 perl应用:生物突变的随机模拟程序
use strict;use warnings; #随便找一个比较好识别的序列my $DNA="AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA\n";my $i;my $mutant;srand(time|$$);$mutant=mutate($DNA);print "Mutate \n"
2012-10-16 23:03:34 1832
原创 vim常用命令总结;方便自己查看,大家可以自己开个帖子,把自己常用的,或者经常忘的贴在上面方便自己的查找(不断补充中)
我学习到这些都是从《vi improved》中,这本书分成两大部分,第一部分,从头开始讲些了vim的使用方法。第二部分,从更详细的角度来学习和探究,比如什么是一个单词,单词是怎么定义的,行首又包括第一个字符,和第一个非空字符两种含义,并介绍了更多的命令,供我们选择学习。1.自动补全: ctrl+n2.选中整个文本:ggVG3.撤销: u
2012-10-16 21:47:01 1568
原创 perl的srand()函数使用,time的各个函数的使用
srand()提供供rand()使用的随机数种子,rand()产生随机数生成器。、如果你在第一次调用rand()之前没有调用srand(),那么系统会为你自动调用srand()。使用同种子相同的数调用srand()会导致相同的随机数序列被生成。举例如下:srand(26);$number1=rand(100);print "$number1\n";sran
2012-10-15 19:19:20 3516
原创 vim自动补全,vim自动补全括号等总结及应用
将以下代码,复制粘贴到~/.vimrc中,然后保存,关闭所有的vim,然后打开就OK 了。这里输入以后,光标在括号内部。:inoremap ( ()i:inoremap ) =ClosePair(')'):inoremap { {}i:inoremap } =ClosePair('}'):inoremap [ []i:inoremap ] =ClosePair(']'):ino
2012-10-15 10:47:11 8731 3
原创 利用perl对比两个文件,并对数据进行筛选,涉及到哈希的应用和perl编程风格的改变
my %scyjm;open (CONTACT,"f:\\perl\\f.txt")||die("can not open the file!"); while (){ next if /^#/;#if($_=~/^#/的简写 chomp; my @information =split;# my @information=split/\s+/,$_;的简写 next if(($inf
2012-10-12 19:35:17 2494
原创 利用perl从大量数据中筛选我们我们需要的数据,核心思想就是根据格式的一致性,将每一行利用split转换成数组,然后输出对应的数组
#这里我们看到这样的一组数据##reference=file:///home/wl/Data/data/yeast/ref/S288C_R64.fasta##source=SelectVariants#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT d90_2_1_Clean d90_2_2_Clean d90_2_4_Clean d90_2_6_Cl
2012-10-10 21:56:13 2838
原创 perl关于qw以空格为分隔符的问题以及若干替代方案+学会变通+split函数的使用
我们在创建数组的时候,可以使用到qw,这是一个非常方便的简写,省去了我们书写大量引号的麻烦。但是有这样一个问题。如果们要创建有20个人名组成的数组,并且每个人的名字是这种形式的"Join smith" "Harry Potter"也就是每一个名字既包含姓也包含名。这样的话,我们的qw就不能起作用了。因为qw是用空格作为分隔符。我们只能想一些替代的方案来解决。方案一:用最原始的方案,也就
2012-10-08 22:00:54 2145
原创 perl 中一个随机编故事的程序(rand随机函数的应用举例)+好的程序本身就是注释
use strict;use warnings;#定义变量my $count;my $input;my $number;my $sentence;my $story;#定义四个数组#定义了人物数组my @nouns=( 'Dad', 'TV', 'Mom', 'Groucho', 'Rebecca', 'Harpo', 'Robin Hood', 'Joe
2012-10-08 19:54:30 2055
原创 统计一行中字符串字符的个数的三种方法:利用excel,利用perl(length函数,tr//),利用vim。统计引物中引物的碱基数目必用
大家在设计引物以后,假如说设计了100个,公司的订单要求提供每一个引物的碱基个数!我们怎么快速的把这100个引物中每个引物中碱基的个数统计出来呢?方法一:Excel中提供了很好的函数,来帮助我们实现这一功能。这里我们可以从图中看到我们用了一个函数“=LEN(B2)”。这也就是一个求指定单元格中字符的多少的。方法二:利用perl,统计每一行中字符串的个数。在这里,我们把引
2012-10-07 16:27:07 6623 3
TeXmacs-chinese-fonts.tar.gz
2013-04-28
空空如也
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