答案一定隐藏在问题之中

反思从昨天到今天一来遇到的问题，让我苦思许久的问题，就在不经意之间得到了解决。

当我们遇到一个问题的时候，什么才是解决之道呢？

凡是我们遇到问题，既然是问题，一定有问题的构成要素，我们要做的就是把问题中的所有关键内容进行提取，或者不断的对问题进行各个方面的更加详细的搜集信息。让问题得到更加全面的描述。当描述的越全面的时候，我们的解就越来越明显。

所以我们在面对问题的时候沉静下来，思考问题，才是思考答案。

我们来看一下，前面我的博文在回对全部序列的时候，总是有一部分，不能够匹配。

这是个大的问题，但是对于这个问题的分析，

我们排序以后，发现sample1是完全可以回对的，没有问题，

以后的每一个sample 都有问题。但是后面处理剩余样品的每一段程序都是一样的。

每一个sample的结果都是在开始很长的一段无法匹配，但是到了后面又都能够回对上。

就这样，我们把问题 一个个的解析，就会发现问题出现在开始的部分。

第一部分是正常的，那一定是第一部分的改变，对于后面有了不同的影响。所以才会使后面的程序出现问题。

open (DNA,"Chr5_join.txt")||die("can not open");  
while(<DNA>)  
{  
    @information1=split;  
    $position{$information1[0]}{sample0}=$information1[1];  
}  
  
open (DNA1,"TAIR_vs_bur.maf")||die("can not open");  
$z=<DNA1>;  
$z=<DNA1>;  
$z=<DNA1>;  
$z=<DNA1>;  
$z=<DNA1>;  
$z=<DNA1>;  
$z=<DNA1>;  
$z=<DNA1>;  
$z=<DNA1>;  
$z=<DNA1>;  
$z=<DNA1>;  
$z=<DNA1>;  
$z=<DNA1>;  
$z=<DNA1>;  
$/="\n\n";                                         #其实问题就出现在这里，我们把系统的默认的换行符给改变了，现在我们认为只有两个换行符才是一行。
while(<DNA1>)  
{  
    @mout = split/\n/,$_;  
    @score= split/=/, $mout[0];  
    unless ($score[1]<90000)  
    {  
        @info1 = split/\s+/,$mout[1];  
        @info2 = split/\s+/,$mout[2];  
          
        @sequen1 = split// ,$info1[6];  
        @sequen2 = split// ,$info2[6];  
  
        for($cout1=$info1[2]+1;$cout1<$info1[3]+$info1[2]+1;$cout1++)  
        {  
            if(exists $position{$cout1})  
            {  
                $cout=$cout1-$info1[2]-1;  
                $position{$cout1}{sample1}=$sequen2[$cout];  
            }  
            else   
            {  
                next;  
            }  
        }  
  
    }  
}  
  
open (DNA2,"TAIR_vs_can.maf")||die("can not open");  
$z=<DNA2>;                                        #但是这里我们使读取的默认的一行，还是改编后的一行呢？很显然，我们依然认为这里应该读取一个换行符的一行，但是我们却忘记了我们已经把默认的换行符给改变了，这里真实读取的其实不是一行了，而是很长的一段，这一段的结尾包含着两个换行符。这就是问题的症结所在。我们要做的就是在这一行前面把换行符给给改过来，$/="\n";

$z=<DNA2>;   
$z=<DNA2>;  
$z=<DNA2>;  
$z=<DNA2>;  
$z=<DNA2>;  
$z=<DNA2>;  
$z=<DNA2>;  
$z=<DNA2>;  
$z=<DNA2>;  
$z=<DNA2>;  
$z=<DNA2>;  
$z=<DNA2>;  
$z=<DNA2>;  
$/="\n\n";  
while(<DNA2>)  
{  
    @mout = split/\n/,$_;  
    @score= split/=/, $mout[0];  
    unless ($score[1]<90000)  
    {  
        @info1 = split/\s+/,$mout[1];  
        @info2 = split/\s+/,$mout[2];  
          
        @sequen1 = split// ,$info1[6];  
        @sequen2 = split// ,$info2[6];  
  
        for($cout1=$info1[2]+1;$cout1<$info1[3]+$info1[2]+1;$cout1++)  
        {  
            if(exists $position{$cout1})  
            {  
                $cout=$cout1-$info1[2]-1;  
                $position{$cout1}{sample2}=$sequen2[$cout];  
            }  
            else   
            {  
                next;  
            }  
        }  
  
    }  
}