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原创 perl中子程序中参数的两种引用(传递)方式:pass by value and pass by Reference(传入引用)

这里主要讨论的是当你要传递的参数不是仅仅一个的时候,也就是两个以上,并且他们数据的类型还不一致的时候,我们要遇到的问题:下面是一个例子:use strict; #这里是两个数组my @i =('1','2','3');my @j =('a','b','c');#在进行处理之前,我们把他们先打印出来,看一看他们的样子print "In main program bef

2012-09-27 20:20:42 3559

原创 perl中子程序的运用,以及在子程序中变量进行私有(my)声明的重要性

我们都知道用my可以来定义私有变量,这个可以在很多情况下防止错误的发生,下面我们通过一个例子来看一看。下面是一个转换程序,也就是简单的把DNA序列中的A转变成T,第一种情况没有使用私有变量。如下:#下面是一段DNA序列$DNA=ATTATATAT;#这里是我们的序列$result=A_to_T($DNA);print "I changed all $DNA A to T, and

2012-09-26 22:25:08 1442

原创 perl碱基计数的三种不同的方法,for循环+while循环+tr///

第一种方式,我们运用的for循环,然后用了if......else.......结构for ($position=0;$position<length $DNA;++$position){ $base=substr($DNA,$position,1); if ($base eq 'A') { $count_A=$count_A+1; } elsif ($base eq 'T

2012-09-26 14:28:31 5756

原创 perl 在window下输出结果到文件,以及>,和>>的区别

上一个博客中我们统计出来了碱基的数量,现在我们来吧他们输出到一个特定的文件中:#下面的程序是用来计算一段DNA序列中ATGC的数量的#首先定义四种碱基的数量为0$count_A=0;$count_T=0;$count_C=0;$count_G=0;#首先要先把序列进行合并成一行#先确定所要处理的文件的路径及文件名(在windows系统下面要按照这样的例子写#f:\\pe

2012-09-25 23:00:13 3613

原创 perl,读取所需文件的路径,然后打开相应的文件,并对文件中的DNA序列进行计数,substr函数对长字符串的片段化处理功能

以下是DNA序列,存储在window下F:\perl\data.txt里面:AAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGTTTTCCCCCCCC CCCCCGTCGTAGTAAAGTATGCAGTAGCVG CCCCCCCCCCGGGGGGGGAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTAT AAACG 下面是程序:#下面的程序是用来计算一段DNA序列中ATGC的

2012-09-25 09:05:09 3207 2

原创 perl从文件中读取数据,然后输出,附一个蛋白质序列的读取

window下读取某个文件,他的格式是:open (filehand,"路径e.g:d:\\data.txt");然后将打开的内容赋值给一个变量:e.g:$protein=;下面是一个读取蛋白质序列的程序:open (PROTEINFILE,"f:\\perl\\data.txt")||die("can not open the file!");$pro

2012-09-22 11:07:24 2622

原创 perl高级排序学习,<=>操作符,飞船操作符

高级排序的关键在于你要指定排序的方式,利用的操作符是spaceship operator():下面是按照你的要求进行的排序:@number=qw/5 10 15 3 2 4 8 6 /;my @descending =sort {$a$b} @number;#这里$a=5,$b=10,因为$a在前,perl得到的结果是小数在前,也就是升序排列print "@descending\n";

2012-09-19 09:43:23 2001

转载 window下perl模块的安装(转载) ,PPM

perl ppm使用可以直接键入cpan命令进行模块安装前面我们介绍了如何在Windows下面安装ActivePerl,ActivePerl有一个好处就是使用了图形化的模块管理界面,确实使得安装新的模块异常的简单,这里我就介绍一下如何使用PPM(Perl Package Manager)安装模块。打开PPM,我们看到的界面是这样的:我们看到第二行是工具栏,从左到右,第一个是查看仓库里面

2012-09-18 14:34:13 4376 1

原创 猜数字游戏:设计裸块,redo,和字符串的判断

下面是正确的程序:$secretnumber=int(1 + rand 100);print "$secretnumber\n";{#一个裸块print "Please guess a number from one to hushand!\n";chomp($gussnumber=);if ($gussnumber=~/quit|exit|\A\s*\z/i)#必须要放在前面,

2012-09-18 14:31:00 1021 1

原创 哈希因赋值而诞生,单词个数的统计

程序如下print "Please input the name\n";chomp(@words=);foreach $word(@words){ $count{$word} +=1;#哈希因赋值而诞生}foreach $word(keys %count)#在这里如果写成foreach $word(sort keys %count),那么就可以对输出的信息进行排序{ pri

2012-09-16 10:10:14 1059

原创 建立哈希,访问哈希

%friend=('fred'=>flintstone,'barney'=>rubble,'wilma'=>flintstone,);#构建哈希print "Please input second name,and you will get the family name\n";chomp($second_name=<>);#又一次忘记写chomp了$family_name=$friend{

2012-09-15 14:40:21 869

原创 perl的格式化输出,顺便再提一下chomp的重要性

perl格式化输出的一例,learning perl中的一道习题以下为代码:print "please input some lines,then press Ctrl+Z. \n";chomp(@s=);print "1234567890"x 3 ."\n";#做为输出结果的一个标尺foreach $s(@s){printf "%20s\n",$s;#输出的格式为右对齐,所

2012-09-13 22:11:33 1357

原创 perl中push用法,子程序返回值的反思

今天晚上用了半个多小时写了一个简单的程序,输出一串数字中比平均值大的数,其中有两个问题值得注意:sub above_average{ $number=@_; foreach $how(@_) { $total=$total+$how; } $the_average=$total/$number; foreach (@_) { if ($_>$the_average)

2012-09-12 22:14:17 3533

原创 perl输入,排序,输出,一行代码解决所有的问题

今天在learning perl的第三章的一个练习题,只用一行代码就解决了所有的问题:        基本的方法:print "This program will sort the string as ASCII.\n";chomp(@strings=);@strings=sort @strings;print "@strings\n.";上面的后面三行代码解决的是输入,然后排序,最后将排序

2012-09-12 19:54:21 1539 1

原创 perl中chomp的使用

在输入的过程中主义使用chomp才能够得到正确的结果如下程序:print "Please input an string and a number by order!\n";$the_string=<>;$the_numb=<>;print "The result is \n";print "$the_string"x"$the_numb";结果如下:The res

2012-09-12 09:06:01 2558

perl-support模块修改\ii\io

perl-support 模版修改,\io \ii

2013-05-12

TeXmacs-chinese-fonts.tar.gz

输入中文的地方需要设置格式 如果全文是中文文档,可以选择菜单栏:Document->Language->Chinese 如果是部分文本需要设为中文,选择菜单栏:Format->Language->Chinese (也许不需要设置语言?例如, 最近版本, v1.0.7.19 在Ubuntu 12.10上,只要直接设置 Format -> Name -> CJK -> MicroHei 即可。) Trouble shooting: 官方的texmacs源版本依然比较旧,支持中文输入会有问题 而在Ubuntu上和Archlinux上的经验来看,最新的版本 v1.0.7.17 是没有问题的(v1.0.7.16都会存在问题)。而最新的版本需要源代码编译安装(可以在gitorious下载最新的.tar.gz包并解压缩)。 如果你看到的Chinese菜单项处于灰色不可用状态,说明没有安装TeXmacs没有找到合适的字体。 简单的解决办法是,下载fireflysung字体: http://www.study-area.org/apt/firefly-font/fireflysung-1.3.0.tar.gz 解压缩后,将其中的.ttf文件复制到 ~/.TeXmacs/fonts/truetype 目录下 之后命令行执行 texmacs --delete-font-cache 再次打开TeXmacs后,就应该看到菜单项已变为可用。

2013-04-28

GenomeAnalysisTK-2.2-15.tar.bz2

GATK的官方软件,因为要注册,所以放在这里,供大家下载使用!

2012-12-04

基因拼装软件stampy

序列拼装的经典软件,在linux下运行。

2012-11-26

U盘批量恢复

一个U盘文件的恢复程序,就这些功能了 以后再补充

2012-10-16

空空如也

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