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原创 Gromacs 分子动力学 远程安装介绍 全网最详细的Gromacs安装前说明 该怎么选择合适的安装方式 Windows直接可用的Gromacs又有什么危害？Gromacs安装需要准备什么
首先这个软件是Linux的软件，从官网提供的下载文件可以看出默认没有Windows可以直接用的版本，所以Windows的话要安装载体来安装Linux系统（Ubuntu/CentOs二选一），这个载体也就是WSL系统或者虚拟机，还有一种载体叫双系统，为虚拟机的升级版。
2024-02-04 23:22:44
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原创 AutoDock与Vina的区别 如何选择AutoDOCK与Vina对接 AutoDock对接系列 run autogrid出现[Error 2]从而得不到.map文件 AutoDock安装闪退
关于很多的人分不清AutoDock这个对接工具以及Vina对接工具的区别以及他们安装以后的样子等等，导致大家在安装的时候频频犯难！下面就给大家详细的讲解以下他们二者的区别疑惑：他们二者有什么关联呢。
2024-01-16 00:32:20
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原创 AutoDock 安装后打开闪退问题 AutoDock分子对接 AutoGrid 报错 对接盒子配置 不能生成map文件的解决方法
AutoDock 安装问题 闪退问题
2023-05-10 12:17:30
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原创 PyMOL的开源版和商业版如何选择 PyMOL开源版安装 PyMOL商业版安装 PyMOL安装教程 远程安装PyMOL正式版 官网版
选择开源版：如果您主要进行日常的分子可视化和分析任务，并且希望使用免费的软件，开源版的 PyMOL 已经足够强大。它适合学术研究、教学以及个人项目，具有高度的可定制性。选择商业版：如果您从事的是更复杂的生物分子研究，或者需要生成高质量的图像和动画，并且希望获得官方的技术支持和更频繁的更新，那么商业版的 PyMOL 将是更合适的选择。尤其是在工业界和商业科研环境中，商业版的高级功能和优化能够显著提升工作效率。
2024-08-31 17:04:55
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原创 【Python Miniconda 安装 Linux版】Ubuntu 22.04 上安装 Miniconda详细教程 Amber适配Python环境
【Python Miniconda 安装 Linux版】Ubuntu 22.04 上安装 Miniconda详细教程 Amber适配Python环境
2024-08-11 12:59:19
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原创 Amber24安装教程 Amber24远程安装 生物分子模拟 Amber GPU加速版安装 Amber24 和 AmberTools24 的强势登场：全方位超越 Amber22 的优势分析
总体来说，Amber24 在性能、功能和用户体验上都超越了 Amber22。如果您需要处理复杂的分子动力学模拟，或希望在更短的时间内获得高精度的结果，Amber24 无疑是您的最佳选择。尤其是在使用 AMD GPU 或进行高阶自由能计算时，Amber24 的优势尤为显著。
2024-08-11 12:49:36
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原创 生成1LZC的图像，以卡通形式用n端到C端彩虹(元素C)着色。配体在球棒视图中显示，用紫色的主干着色，并以元素着色。标记与配体相互作用的残基的所有侧链，将侧链涂成白色。这些侧链残基的二级结构是什么?
Generate an image of 1LZC with cartoon form coloured in an N-terminal to C-terminal rainbow (elem C). Show the ligand in ball and sticks view coloured with a purple backbone and coloured by element. Label all the side chains of the residues which are inte
2024-08-10 19:46:30
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原创 蛋白质生物学：从序列到结构和疾病显示1LZC中配体在3.5 Å范围内的所有残基标记这些残基并识别与配体形成氢键的特定原子(提交图像)。确定任何疏水相互作用并解释涉及哪些残基? （已解决）
Show all the residues within 3.5 Å of the ligand in 1LZC? Label these residues and identify the specific atoms that form H-bonds with the ligand (submit an image). Identify any hydrophobic interactions and explain which residues are involved? (20 marks)
2024-08-09 17:41:40
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原创 蛋白质生物学：从序列到结构和疾病：选择1LZC的活性位点残基E35和D52。给这两个残基贴上标签，涂上颜色，只显示这两个残基。这两个残基中哪个与配体相互作用？哪种结构是残基61-78，其其作用是什么？
E35和D52：两者都与配体相互作用。E35作为质子供体，而D52则稳定过渡态。相互作用：与配体及周围残基形成氢键和静电相互作用。
2024-08-09 17:30:18
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原创 创建1LZC的残留物L25-E35和S50-G54的选择。螺旋中有多少残基螺旋有多少圈?解释是否符合预期的螺旋的周期性?β链与另外两条β链形成一个β薄片，β链的方向是什么?1LZC的哪条β链的残基最少
α螺旋（L25-E35）：11个残基。大约3圈，符合α螺旋的周期性（每圈3.6个残基）。β链（S50-G54）：反平行，基于图中箭头的方向。S50-G54有5个残基；与其他β链相比确认最少残基数。图中高亮显示了这些选定区域，展示了二级结构元素（α螺旋和β链），确定其结构特性。
2024-08-08 14:53:55
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原创 蛋白质生物学：从序列到结构和疾病 下载并同时打开1LYZ和1H6M的PDB文件(提交图片)。描述这种蛋白质的二级和三级结构。(10分)
钠离子(Na^+)存在于结构中，在维持蛋白质的稳定性和可能的功能中起作用。这些图像显示了一个复杂的球状结构，其中α -螺旋和β -薄片折叠成一个紧凑的形状。溶菌酶含有β -sheet，这是其活性位点的一部分，在底物结合和催化中起着至关重要的作用。循环和旋转连接了α -螺旋和β -薄片，提供了灵活性，使蛋白质能够采用其功能性的三维形状。钠离子(Na^+)的存在，描绘为紫色球体，表明它在稳定蛋白质结构或参与其功能中的作用。与α -螺旋和β -片相比，这些区域更灵活，通常涉及蛋白质的活性位点或结合位点。
2024-08-08 11:15:54
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原创 Ubuntu22.04中安装Java17 Linux系统安装Java17 在Java1.8的基础上安装Java17版本共存 在Linux的多个Java环境中默认激活使用Java17
在Ubuntu中成功安装并配置Java 17。按照提示选择刚安装的Java 17版本。
2024-08-05 16:01:13
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原创 安装双系统（Ubuntu）后NVIDIA驱动无法使用（Make sure that the latest NVIDIA driver is installed and running）并设置屏幕不熄灭
通过上述步骤，可以解决在Ubuntu 22 | 23上安装NVIDIA驱动和设置屏幕不熄灭的问题。
2024-08-05 15:47:26
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原创 Pymol开源版安装 新版 3.0 / 3.1 Windows安装Pymol开源版
PyMOL 是一个开源的分子可视化系统，被广泛应用于结构生物学中。它允许用户可视化分子结构，并创建高质量的蛋白质、核酸和其他大分子的3D图像。多年来，PyMOL不断发展，新版本引入了更多的功能和改进。
2024-08-02 18:30:29
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原创 AutoDock对接的局限性 蛋白对接蛋白 蛋白对接核酸 分子对接 AutoDock闪退 闪退核心问题解答
根据已知的生物学信息或实验数据，定义主动（active）和被动（passive）残基。这些残基会在对接过程中作为可能的相互作用位点。主动残基通常是已知的结合位点或重要功能区域。被动残基是靠近主动残基并可能参与相互作用的区域。
2024-08-02 16:40:42
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原创 JavaScript总结 JS ECMAScript 2015又称ES6 ES6语法大全 个人笔记整理 收集整理ES6 所新增的语法以及使用方法 ES6语法整理
JavaScript总结 JS ECMAScript 2015又称ES6 ES6语法大全 个人笔记整理 收集整理ES6 所新增的语法以及使用方法 ES6语法整理
2024-03-04 23:44:56
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原创 AutoDock 分子对接Map文件闪退出错 Run AutoGrid报错 Run AutoGrid生成不了map文件 AutoDock 中Run AutoGrid操作生成map文件为0KB
在AutoDock的对接里，打开AutoDockTools以后，一般分为两大步骤，map文件生成前的预处理和对接盒子配置以及map文件生成后的核心对接配置！！！！这就是典型的Run AutoGrid操作生成map文件失败：AutoDockMap出错。
2024-02-29 16:47:08
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原创 SpringBoot接口项目部署 SpringBoot编写接口部署到服务器 CentOS服务器部署SpringBoot接口 SpringBoot接口部署 SpringBoot部署例子 Jar包部署
SpringBoot接口项目部署 SpringBoot编写接口部署到服务器 CentOS服务器部署SpringBoot接口 SpringBoot接口部署 SpringBoot部署例子简单
2024-02-27 18:57:53
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原创 SpringBoot的生命周期 SpringBoot监听器在生命周期中的作用时间和顺序 SpringBoot 监听机制 SpringApplicationRunListener
SpringBoot的生命周期 SpringBoot监听器在生命周期中的作用时间和顺序 SpringBoot 监听机制 SpringApplicationRunListener
2024-02-24 17:46:00
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原创 AutoDock分子对接教程 小分子对接 AutoGrid和AutoDock并实现分子对接 分子对接软件（亲测有效）
AutoDock与Vina的区别 如何选择AutoDOCK与Vina对接 AutoDock对接系列 runautogrid出现[Error 2]从而得不到.map文件AutoDock安装闪退Linux系统安装AutoDockTools、AutoGrid和AutoDock并实现分子对接 分子对接软件 CentOsUbuntu系统适用（详细讲解）
2024-01-17 00:10:59
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原创 VMD可视化软件远程安装 VMDStore安装 插件安装 Linux Windows 展示
VMD 是一款免费的分子可视化软件，可以实现以多种模式展示分子结构、制作动态动画以及分析分子运动轨迹等操作。VMD 专为生物系统（例如蛋白质、核酸、脂质双层组件等）的建模、可视化和分析而设计。它可用于查看更一般的分子，因为 VMD 可以读取标准蛋白质数据库 (PDB) 文件并显示所包含的结构。VMD 提供了多种对分子进行渲染和着色的方法：简单的点和线、CPK 球体和圆柱体、甘草键、骨干管和丝带、卡通图画等。VMD 可用于动画和分析分子动力学 (MD) 模拟的轨迹。
2023-11-20 18:11:28
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原创 Linux系统安装AutoDockTools、AutoGrid和AutoDock并实现分子对接 分子对接软件 CentOs Ubuntu系统适用（详细讲解）
linux系统Centos7 | Ubuntu系统安装分子对接软件AutoDockTools并实现分子对接
2023-09-10 17:00:38
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原创 SailVina 使用教程 Autodock Vina分子对接全套整合软件 MGLTools闪退 作用力分析 MOE 薛定谔 Gromacs 全网最全分子对接教程
SailVina只是一个带界面的脚本，批量调用Autodock Vina，openbabel等来便捷的进行分子对接。下载受体；自动准备受体。配体格式转换；根据取代基批量生成配体。验证对接方案(Protocol)是否可以还原实验结果。单个/多个配体和单个/多个受体进行对接。将对接的多个配体提取出来。提取对接的分数；批量提取分数，并选择性的提取结果。将配体和受体合并成一个文件。计算两个/多个小分子之间的RMSD值。
2023-08-11 00:59:40
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原创 Schrodinger Maestro分子对接详细教程 薛定谔软件 薛定谔 Maestro对接
chrodinger是药物发现的完整软件包，包括：基于受体和配体结构的诱导契合和柔性对接模式；基于受体结构及配体极性的对接模式；基于受体结构及溶液环境性质的对接模式；组合化学库设计及基于组合库的对接模式；基于配体结构的药物设计，药效团和3D-QSAR；生物分子结构模拟，蛋白、糖、核酸、小肽等；基于靶点的药物设计；ADME性质预测；
2023-08-08 12:14:38
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原创 AutoDock对接流程 AutoDockTools AutoDock对接总流程 AutoDock Vina 分子对接软件
AutoDock是一款广泛用于分子对接的自动化软件，下面将自己个人总结的对接流程做出如下分享，希望能帮助到AutoDock刚安装上的友友，如果安装出现问题或者闪退可以看我这篇文章——以上就是本人解决问题的全过程了，后续会更新其他有关的教程。有问题的友友，可以关注私聊我哦。
2023-08-06 01:22:55
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原创 Gromacs 布朗动力学模拟 Gromacs安装教程 虚拟机安装 VMware Workstation Pro任选版本 Linux CentOS7 Ubunto Xshell和Xftp安装
Gromacs是研究生物大分子体系的动力学模拟软件，在国内外有着广泛的应用。目前Gromacs只发布了基于Linux/Unix的安装程序包，本教程将介绍在VMware虚拟机上安装Gromacs正式版本2019.6。
2023-08-06 00:14:01
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原创 【Discovery Studio安装问题处理】没有prepare ligand如何解决？网上安装的功能缺失？无prepare protein板块？没有BLAST Search（NCBI Server
是因为缺少了服务端的Server，只含客户端所以功能不全；
2023-03-14 22:14:00
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原创 Could not find a version that satisfies the requirement cv2或No matching distribution found for cv2
ERROR: Could not find a version that satisfies the requirement cv2 (from versions: none)ERROR: No matching distribution found for cv2
2022-11-10 20:07:55
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原创 实验六、完整性控制（包含触发器的使用方法）——SQLServer触发器
掌握SQL Server数据库系统完整性控制方法1. 创建一个触发器，“数据库”课程的选课人数不能超过5人。2. 创建一个触发器，规定每位同学选课门数不能超过3门。3. 创建一个触发器，当修改成绩表中成绩时，如果变化幅度超过10%，将操作记录在下表SC_U（Sno,Cno,Oldgrade,Newgrade）中。
2022-11-06 15:09:44
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原创 Android Studio 图片轮播——导航页面（Viewpager）
图片轮播——导航页面（Viewpager）功能展示：首先需要一个主页面，包含着控件，N个需要展示的页面，主页面的java，以及ViewPager的适配器；展示的页面：可以用ImageView和TextView配合主页面：<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?><RelativeLayout xmlns:android="http://schemas.android.com/apk/res/android" xmlns:app="h
2020-12-21 16:15:10
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原创 Android Studio 如何调出打电话页面，进行打电话功能（最简单的方法）
首先来看XML布局：<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>> <RelativeLayout> xmlns:android="http://schemas.android.com/apk/res/android"> xmlns:app="http://schemas.android.com/apk/res-auto"> xmlns:tools="http://schemas.android.com/to
2020-12-21 08:52:45
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原创 C#windowFrom——文件对话框（保存、打开以及浏览文件）OpenFileDialog、SaveFileDialog、FolderBrowserDialog
//OpenFileDialog ——打开文件的按钮private void button1_Click(object sender, EventArgs e) { //点击打开文件的按钮 //实例化OpenFileDialog类 OpenFileDialog openFile = new OpenFileDialog(); //设置初始化打开的路径 //op.
2020-12-14 21:37:09
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原创 C#WindowForm 面向对象编程——项目小结——模拟中国银行ATM（简陋的ATM——仅作参考）
中国银行ATM业务流程图一、流程图点击查看业务流程图（原图）二、项目展示这里附上：原项目（项目简陋仅供参考）文档：模拟中国银行简陋ATM.zip链接：http://note.youdao.com/noteshare?id=c58648e67fe6ea1b871820de57db07eb&sub=764D42CBBF4143C3B0D90552FDFB5082右上角保存下载...
2020-12-08 20:51:50
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原创 C#——面向对象（学习总结）包含些许面试题
面向对象考核1、 面向对象的三大特征：封装、继承、多态2、何为封装封装就相当于一个人做一件事情，所需要的东西都在自己的脑子里面了，不需要别人的帮助就能够完成这件事情。3、何为继承继承就是派生类继承基类的方法与属性；也就是一个父亲和儿子，儿子可以遗传父亲的容貌以及一些行为方式，但是父亲则不能遗传儿子的容貌。4、何为多态多态就是一个类被多个类继承；相当于一个人打字，可以用9建打字、26键打字，但是都是用来实现打字这个功能的。5、虚方法的关键字：Virtual6、方法重载
2020-12-08 19:17:22
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原创 C#WindowsForm窗体设计——如何在窗体中加载数据库当中的存储的图片（以pictureBox控件为例，附结果图）
private void Form1_Load(object sender, EventArgs e){//在窗体的加载事件中举例 //第一种方法作为了解 //获取图片的绝对位置（只要知道这个图片在你电脑中的路径即可） pictureBox1.Image = Image.FromFile("C:\\Users\\PC\\Desktop\\休闲娱乐\\sd.png"); //第二种方法： 获取网络上的图片 //首先先连接数据
2020-11-08 16:29:00
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原创 C语言代码编写之冒泡排序算法（附带结果图）
C语言冒泡排序算法int main(){ int ty = 0; int num[6] = { 4,65,11,23,7,3 }; int len = sizeof(num) / sizeof(int);//计算数组长度 //显示长度 printf("数组长度为：%d \n", len); printf("遍历数组：\n"); for (int i = 0; i < len - 1; i++) { printf("%d、", num[i]); } printf("\n冒
2020-10-11 21:05:47
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C# Winfrom窗体应用-医院住院部信息管理系统 可用于校园内毕业设计或课程作业 （其他类如酒店管理系统需要的也可以联系）
2022-12-11
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