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在生物信息学领域，单细胞组学正在以前所未有的速度推动着科研和临床应用的边界拓展。在这个领域中，《Transformers in Single-Cell Omics》项目如同一颗璀璨的新星，为研究者提供了一套全面而细致的技术指南与工具集合。

项目介绍

此项目围绕着最近的研究成果：“Transformers in Single-Cell Omics: A Review and New Perspectives”，旨在汇总并评价应用于单细胞数据处理的各种Transformer模型。它不仅涵盖了从scRNA-seq到各种模态的数据预处理方法，还深入探讨了这些模型的实际效能与潜在局限性。项目的独特之处在于其专注于纯粹基于Transformer架构的模型，排除了那些仅将Transformer作为子组件或聚焦于DNA、蛋白质序列的模型。

技术分析

模型概览

项目中包含了诸如scMulan、BioFormers、Geneformer以及Universal Cell Embedding等前沿模型。通过对比它们在不同任务上的表现（如零样本学习、无监督学习以及有监督学习），我们可以看到每个模型都有自己的亮点和适用场景：

scMulan: 在条件细胞生成方面表现出色，并且能够进行细胞类型注释。
BioFormers: 尤其擅长基因表达预测，遗传扰动效应预测等领域。
Geneformer: 强调基因功能预测与细胞注释，适用于多组织跨物种环境。
Universal Cell Embedding: 利用了复杂但精确的嵌入策略，以提升各类任务的表现。

架构与输入嵌入方式

各模型在架构设计上各有千秋，既有采用编码器结构的BioFormers和Geneformer，也有解码器设计的scMulan；而在输入嵌入方面，从不指定具体方法的scMulan，到利用价值分类法的BioFormers，再到基于位置排序的Geneformer，每种方案都体现了开发者对特定问题的独特见解。