ADAM 开源项目使用教程

ADAM 开源项目使用教程

adam ADAM is a genomics analysis platform with specialized file formats built using Apache Avro, Apache Spark, and Apache Parquet. Apache 2 licensed. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ad/adam

1. 项目的目录结构及介绍

ADAM 项目的目录结构如下：

adam/
├── adam-apis/
├── adam-assembly/
├── adam-cli/
├── adam-codegen/
├── adam-core/
├── adam-distribution/
├── adam-python/
├── adam-r/
├── bin/
├── docs/
├── scripts/
├── .gitignore
├── CHANGES.md
├── CODE_OF_CONDUCT.md
├── CONTRIBUTING.md
├── KEYS
├── LICENSE.txt
├── LICENSE_header.txt
├── README.md
├── SUPPORT.md
└── pom.xml

目录结构介绍

• adam-apis: 包含 ADAM 的核心 API 文件。
• adam-assembly: 用于构建 ADAM 的装配文件。
• adam-cli: 包含 ADAM 的命令行接口文件。
• adam-codegen: 代码生成相关的文件。
• adam-core: ADAM 的核心代码库。
• adam-distribution: 用于构建 ADAM 的发布包。
• adam-python: 包含 ADAM 的 Python 接口文件。
• adam-r: 包含 ADAM 的 R 接口文件。
• bin: 包含一些可执行脚本。
• docs: 包含项目的文档文件。
• scripts: 包含一些辅助脚本。
• .gitignore: Git 忽略文件配置。
• CHANGES.md: 项目变更日志。
• CODE_OF_CONDUCT.md: 项目行为准则。
• CONTRIBUTING.md: 贡献指南。
• KEYS: 密钥文件。
• LICENSE.txt: 项目许可证文件。
• LICENSE_header.txt: 许可证头文件。
• README.md: 项目介绍和使用说明。
• SUPPORT.md: 支持信息。
• pom.xml: Maven 项目配置文件。

2. 项目的启动文件介绍

ADAM 项目的启动文件主要集中在 adam-cli 目录下。以下是一些关键的启动文件：

• AdamMain.scala: 这是 ADAM 的主启动类，负责解析命令行参数并启动 ADAM 的各项功能。
• Adam2CommandLine.scala: 这是 ADAM 的命令行接口实现，负责处理用户输入的命令。

启动步骤

1. 确保已经安装了 Apache Spark 和 ADAM。
2. 进入 adam-cli 目录。
3. 使用 AdamMain 类启动 ADAM，例如：

   ./bin/adam-submit --class org.bdgenomics.adam.cli.AdamMain [options] [command]
   

3. 项目的配置文件介绍

ADAM 项目的配置文件主要集中在 pom.xml 和 adam-cli 目录下的配置文件。

pom.xml

pom.xml 是 Maven 项目的配置文件，包含了项目的依赖、构建配置等信息。以下是一些关键配置：

• dependencies: 定义了项目所需的依赖库。
• plugins: 定义了项目使用的 Maven 插件。
• profiles: 定义了不同的构建环境配置。

adam-cli 目录下的配置文件

• Adam2CommandLine.scala: 包含了命令行接口的配置，定义了可用的命令和参数。
• AdamMain.scala: 包含了主启动类的配置，定义了启动时的默认参数和行为。

配置步骤

1. 打开 pom.xml 文件，根据需要修改依赖和插件配置。
2. 进入 adam-cli 目录，根据需要修改 Adam2CommandLine.scala 和 AdamMain.scala 文件中的配置。
3. 重新构建项目，确保配置生效。

通过以上步骤，您可以了解 ADAM 项目的目录结构、启动文件和配置文件，并能够根据需要进行相应的配置和启动。

adam ADAM is a genomics analysis platform with specialized file formats built using Apache Avro, Apache Spark, and Apache Parquet. Apache 2 licensed. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ad/adam