ShinyCell 项目使用教程

ShinyCell 项目使用教程

ShinyCellShiny Interactive Web Apps for Single-Cell Data项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/sh/ShinyCell

1. 项目的目录结构及介绍

ShinyCell 项目的目录结构如下：

ShinyCell/
├── docs/
│   └── images/
├── inst/
│   └── extdata/
├── man/
├── DESCRIPTION
├── LICENSE
├── NAMESPACE
├── README.md

目录结构介绍

• docs/: 包含项目文档的图片资源。
• inst/extdata/: 包含项目的外部数据文件。
• man/: 包含项目的帮助文档。
• DESCRIPTION: 项目的描述文件，包含项目的基本信息和依赖。
• LICENSE: 项目的许可证文件，本项目使用 GPL-3.0 许可证。
• NAMESPACE: 项目的命名空间文件，定义了项目的导出和导入函数。
• README.md: 项目的自述文件，包含项目的基本介绍和使用说明。

2. 项目的启动文件介绍

ShinyCell 项目的启动文件主要是 app.R，该文件位于项目的根目录下。app.R 文件负责启动 Shiny 应用程序，并加载必要的依赖和配置。

app.R 文件内容概述

# 加载必要的包
library(shiny)
library(shinyhelper)
library(data.table)
library(Matrix)
library(DT)
library(hdf5r)

# 加载配置文件
source("config.R")

# 定义 UI
ui <- fluidPage(
  # UI 内容
)

# 定义服务器逻辑
server <- function(input, output, session) {
  # 服务器逻辑
}

# 运行 Shiny 应用
shinyApp(ui = ui, server = server)

3. 项目的配置文件介绍

ShinyCell 项目的配置文件主要是 config.R，该文件位于项目的根目录下。config.R 文件负责定义应用程序的配置，包括数据路径、颜色方案、图表设置等。

config.R 文件内容概述

# 定义数据路径
data_path <- "inst/extdata/example_data.h5"

# 定义颜色方案
color_scheme <- RColorBrewer::brewer.pal(8, "Set1")

# 定义图表设置
chart_settings <- list(
  width = 800,
  height = 600,
  font_size = 14
)

# 导出配置
export_config <- function() {
  list(
    data_path = data_path,
    color_scheme = color_scheme,
    chart_settings = chart_settings
  )
}

以上是 ShinyCell 项目的基本使用教程，包括项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望这些信息能帮助你更好地理解和使用 ShinyCell 项目。

ShinyCellShiny Interactive Web Apps for Single-Cell Data项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/sh/ShinyCell