MIDeepSeg 开源项目安装与使用指南

MIDeepSeg 开源项目安装与使用指南

MIDeepSeg[MedIA2021]MIDeepSeg: Minimally Interactive Segmentation of Unseen Objects from Medical Images Using Deep Learning项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/mi/MIDeepSeg

项目简介

MIDeepSeg 是一个基于深度学习的医学图像最小交互式分割工具，它专为未见过的对象设计。该技术发表于《Medical Image Analysis》期刊，由卢向前等学者提出。本项目适用于学术研究，使用时请遵循MIT许可证。对于临床或商业应用，需联系项目负责人获取授权。

目录结构及介绍

以下是MIDeepSeg项目的基本目录结构及其简要说明：

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├── demo_dataset          # 示例数据集，用于快速测试和演示
├── demo_video             # 视频处理示例相关文件
├── mideepseg              # 核心代码库，包含了模型和主要功能实现
├── LICENSE                # 许可证文件，详细描述了软件使用的权限和限制
├── README.md              # 项目说明书，介绍了项目概述、安装步骤等重要信息
├── demo2d.py               # 二维图像分割的示例脚本
├── requirements.txt       # 项目依赖库列表，用于环境搭建
└── ...

项目的启动文件介绍

• demo2d.py: 这是进行2D医学图像互动分割的主要示例脚本。通过运行此脚本，你可以体验MIDeepSeg在单个2D图像上的基本使用流程。首次使用前，请确保已满足所有依赖项要求，并理解可能需要对输入参数进行适当的调整以匹配你的特定图像数据。

项目的配置文件介绍

虽然提供的直接说明中没有明确提到配置文件，但通常这类项目会依赖环境变量设置或者脚本中的参数来配置。对于MIDeepSeg，关键的“配置”实际上可能是通过修改示例脚本如demo2d.py中的参数或直接在代码中设定超参数来完成的。例如，您可能需要设置模型路径、输入图像路径、输出路径以及任何自定义训练或评估参数。

环境与依赖

在开始之前，请确保您的环境已安装PyTorch（版本>=1.0.1）以及Numpy、Pandas、SimpleITK、OpenCV、pyqt5、scipy等Python常用库。另外，还需安装GeodisTK以支持某些地理距离计算需求。

安装步骤概览:

1. 环境准备: 使用虚拟环境管理器（如conda或venv）创建一个新的Python环境。
2. 安装依赖: 在终端运行以下命令以安装必要的依赖项：

   pip install -r requirements.txt
   

3. 安装GeodisTK: 根据其官方指南安装，具体步骤可能包括编译库和Python绑定。
4. 开始编码: 确保所有依赖都安装完毕后，可以尝试运行demo2d.py来开始使用MIDeepSeg。

请注意，实际操作中，你可能还需要查阅项目仓库中的最新说明或更新日志，以便获取最准确的指导信息。

MIDeepSeg[MedIA2021]MIDeepSeg: Minimally Interactive Segmentation of Unseen Objects from Medical Images Using Deep Learning项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/mi/MIDeepSeg