开源项目 `emcee` 使用教程

开源项目 emcee 使用教程

emceePackage web components in Rails applications using the asset pipeline项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/emc/emcee

1. 项目的目录结构及介绍

emcee 项目的目录结构如下：

emcee/
├── LICENSE
├── README.md
├── emcee
│   ├── __init__.py
│   ├── backends
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── hdf.py
│   │   └── temp.py
│   ├── moves
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── ensemble.py
│   │   └── stretch.py
│   ├── autocorr.py
│   ├── ensemble.py
│   ├── state.py
│   └── version.py
├── setup.py
└── tests
    ├── __init__.py
    ├── test_autocorr.py
    ├── test_backends.py
    ├── test_ensemble.py
    ├── test_moves.py
    └── test_state.py

目录结构介绍

• LICENSE: 项目许可证文件。
• README.md: 项目说明文档。
• emcee/: 项目主代码目录。
  • __init__.py: 初始化文件，使 emcee 成为一个 Python 包。
  • backends/: 后端存储相关代码。
    • hdf.py: HDF5 后端实现。
    • temp.py: 临时后端实现。
  • moves/: MCMC 移动策略相关代码。
    • ensemble.py: 集合移动策略。
    • stretch.py: 拉伸移动策略。
  • autocorr.py: 自相关分析相关代码。
  • ensemble.py: 集合采样器核心代码。
  • state.py: 采样器状态管理代码。
  • version.py: 版本信息。
• setup.py: 项目安装脚本。
• tests/: 测试代码目录。
  • test_*.py: 各个模块的测试文件。

2. 项目的启动文件介绍

emcee 项目的启动文件是 emcee/ensemble.py，其中定义了 EnsembleSampler 类，这是项目的主要入口点。

ensemble.py 文件介绍

• EnsembleSampler 类：这是 emcee 的核心类，用于执行 MCMC 采样。
• 主要方法：
  • __init__: 初始化采样器。
  • run_mcmc: 运行 MCMC 采样。

示例代码：

import numpy as np
import emcee

def log_prob(x, ivar):
    return -0.5 * np.sum(ivar * x ** 2)

ndim, nwalkers = 5, 100
ivar = 1 / np.random.rand(ndim)
p0 = np.random.randn(nwalkers, ndim)

sampler = emcee.EnsembleSampler(nwalkers, ndim, log_prob, args=[ivar])
sampler.run_mcmc(p0, 10000)

3. 项目的配置文件介绍

emcee 项目没有传统的配置文件，其配置主要通过代码中的参数传递来实现。

主要配置参数

• nwalkers: 采样器中的 walker 数量。
• ndim: 参数空间的维度。
• log_prob: 对数概率函数。
• args: 传递给对数概率函数的额外参数。

示例代码：

sampler = emcee.EnsembleSampler(nwalkers, ndim, log_prob, args=[ivar])

通过这些参数，用户可以灵活地配置 emcee 采样器的行为。

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以上是 emcee 开源项目的使用教程，涵盖了项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望这些信息能帮助你更好地理解和使用 emcee 项目。

emceePackage web components in Rails applications using the asset pipeline项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/emc/emcee