Salmon 开源项目使用教程

Salmon 开源项目使用教程

salmon🐟 🍣 🍱 Highly-accurate & wicked fast transcript-level quantification from RNA-seq reads using selective alignment项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/sa/salmon

1. 项目的目录结构及介绍

Salmon 项目的目录结构如下：

salmon/
├── CMakeLists.txt
├── LICENSE
├── README.md
├── bin
│   ├── salmon
│   └── salmon-latest-Linux_x86_64.tar.gz
├── cmake
│   └── modules
├── contrib
│   └── Dockerfile
├── doc
│   ├── Doxyfile
│   └── man
├── include
│   └── salmon
├── scripts
│   ├── build_docs.sh
│   └── install_deps.sh
├── src
│   ├── cmd
│   ├── common
│   ├── index
│   ├── main
│   ├── quant
│   ├── salmon
│   ├── salmon_version.cpp
│   └── salmon_version.hpp
└── test
    ├── data
    ├── integration
    └── unit

目录介绍

• CMakeLists.txt: CMake 配置文件，用于构建项目。
• LICENSE: 项目许可证文件。
• README.md: 项目说明文档。
• bin: 包含可执行文件和安装包。
• cmake: CMake 模块文件。
• contrib: 贡献文件，如 Dockerfile。
• doc: 项目文档，包括 Doxygen 配置文件和手册。
• include: 头文件目录。
• scripts: 构建和安装依赖的脚本。
• src: 源代码目录，包含命令行工具、通用模块、索引、主程序、量化模块等。
• test: 测试目录，包括数据、集成测试和单元测试。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件位于 src/main 目录下，主要文件是 main.cpp。这个文件是 Salmon 项目的入口点，负责解析命令行参数并调用相应的功能模块。

启动文件介绍

• main.cpp: 主程序入口，负责初始化和调用其他模块。

3. 项目的配置文件介绍

Salmon 项目的配置文件主要涉及 CMake 构建系统和 Doxygen 文档生成系统。

配置文件介绍

• CMakeLists.txt: 定义了项目的构建规则和依赖项。
• doc/Doxyfile: Doxygen 配置文件，用于生成项目文档。

以上是 Salmon 开源项目的基本使用教程，涵盖了项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望这些信息能帮助你更好地理解和使用 Salmon 项目。

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