ProteinGenerator 项目使用教程

ProteinGenerator 项目使用教程

protein_generator Joint sequence and structure generation with RoseTTAFold sequence space diffusion 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/pr/protein_generator

1. 项目目录结构及介绍

protein_generator/
├── examples/
│   └── ...  # 示例文件和配置
├── model/
│   └── ...  # 模型相关文件
├── utils/
│   └── ...  # 工具函数和辅助文件
├── .gitignore
├── LICENSE
├── README.md
├── environment.yml
├── inference.py
├── protein_generator.ipynb
└── setup.py

目录结构介绍

• examples/: 包含项目的示例文件和配置，用于演示如何使用项目。
• model/: 存放模型相关的文件，包括模型的定义和训练代码。
• utils/: 包含工具函数和辅助文件，用于支持项目的各种功能。
• .gitignore: Git 忽略文件，指定哪些文件或目录不需要被 Git 管理。
• LICENSE: 项目的开源许可证文件，通常为 MIT 许可证。
• README.md: 项目的介绍文档，包含项目的概述、安装和使用说明。
• environment.yml: Conda 环境配置文件，用于创建项目的运行环境。
• inference.py: 项目的推理脚本，用于执行模型的推理任务。
• protein_generator.ipynb: Jupyter Notebook 文件，用于交互式地运行和调试项目。
• setup.py: 项目的安装脚本，用于安装项目的依赖和配置。

2. 项目启动文件介绍

inference.py

inference.py 是项目的推理脚本，用于执行模型的推理任务。通过该脚本，用户可以加载预训练的模型并生成蛋白质序列和结构。

使用方法

python inference.py -input_json /examples/out/design_000000_args.json

• -input_json: 指定输入的 JSON 文件路径，该文件包含推理任务的配置参数。

protein_generator.ipynb

protein_generator.ipynb 是一个 Jupyter Notebook 文件，用于交互式地运行和调试项目。用户可以通过该 Notebook 文件逐步执行代码，查看中间结果，并进行参数调整。

使用方法

1. 打开 Jupyter Notebook。
2. 加载 protein_generator.ipynb 文件。
3. 按照 Notebook 中的步骤逐步执行代码。

3. 项目的配置文件介绍

environment.yml

environment.yml 是 Conda 环境配置文件，用于创建项目的运行环境。该文件定义了项目所需的依赖包和版本。

使用方法

conda env create -f environment.yml

• 该命令会根据 environment.yml 文件创建一个新的 Conda 环境，并安装所有必要的依赖包。

setup.py

setup.py 是项目的安装脚本，用于安装项目的依赖和配置。通过该脚本，用户可以方便地安装项目所需的 Python 包。

使用方法

python setup.py install

• 该命令会安装项目所需的所有 Python 包，并配置项目的运行环境。

README.md

README.md 是项目的介绍文档，包含项目的概述、安装和使用说明。用户可以通过阅读该文件了解项目的背景、功能和使用方法。

内容概述

• 项目简介: 介绍项目的背景和目标。
• 安装指南: 提供项目的安装步骤和依赖配置。
• 使用说明: 详细说明如何使用项目进行推理和生成蛋白质序列和结构。
• 贡献指南: 指导用户如何为项目贡献代码和改进。

通过以上模块的介绍，用户可以快速了解 ProteinGenerator 项目的结构、启动方式和配置方法，从而顺利地进行项目的使用和开发。

protein_generator Joint sequence and structure generation with RoseTTAFold sequence space diffusion 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/pr/protein_generator