GetOrganelle 项目使用教程

GetOrganelle 项目使用教程

GetOrganelleOrganelle Genome Assembly Toolkit (Chloroplast/Mitocondrial/ITS)项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ge/GetOrganelle

1. 项目的目录结构及介绍

GetOrganelle 是一个用于组装线粒体和叶绿体基因组的工具。以下是其主要目录结构及其功能介绍：

GetOrganelle/
├── bin/
│   ├── get_organelle_config.py
│   ├── get_organelle_from_reads.py
│   └── ...
├── docs/
│   ├── README.md
│   └── ...
├── examples/
│   ├── example_data/
│   └── ...
├── scripts/
│   └── ...
├── tests/
│   └── ...
└── ...

• bin/: 包含 GetOrganelle 的主要执行脚本，如 get_organelle_config.py 和 get_organelle_from_reads.py。
• docs/: 包含项目的文档文件，如 README.md。
• examples/: 包含示例数据和示例脚本。
• scripts/: 包含辅助脚本。
• tests/: 包含测试脚本和测试数据。

2. 项目的启动文件介绍

GetOrganelle 的主要启动文件位于 bin/ 目录下，以下是一些关键的启动文件及其功能：

• get_organelle_config.py: 用于配置和初始化 GetOrganelle 的数据库。
• get_organelle_from_reads.py: 用于从测序数据中组装线粒体和叶绿体基因组。

get_organelle_config.py

该脚本用于配置和初始化 GetOrganelle 的数据库。使用方法如下：

python get_organelle_config.py --add embplant_pt embplant_mt

get_organelle_from_reads.py

该脚本用于从测序数据中组装线粒体和叶绿体基因组。使用方法如下：

python get_organelle_from_reads.py -1 forward.fq -2 reverse.fq -o output_dir -R 15 -k 21 45 65 85 105 -F embplant_pt

3. 项目的配置文件介绍

GetOrganelle 的配置文件主要用于设置数据库路径和其他参数。以下是一些关键的配置文件及其功能：

• get_organelle_config.py: 用于配置和初始化 GetOrganelle 的数据库。

get_organelle_config.py

该脚本用于配置和初始化 GetOrganelle 的数据库。可以通过命令行参数或环境变量来设置数据库路径。

python get_organelle_config.py --add embplant_pt embplant_mt

可以通过 --config-dir 参数或 GETORG_PATH 环境变量来设置数据库路径。

python get_organelle_config.py --add embplant_pt embplant_mt --config-dir /path/to/config

或者设置环境变量：

export GETORG_PATH=/path/to/config
python get_organelle_config.py --add embplant_pt embplant_mt

以上是 GetOrganelle 项目的基本使用教程，涵盖了项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望对您有所帮助！

GetOrganelleOrganelle Genome Assembly Toolkit (Chloroplast/Mitocondrial/ITS)项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ge/GetOrganelle