Monocle 开源项目教程

Monocle 开源项目教程

monocle Monocle helps teams and individual to better organize daily duties and to detect anomalies in the way changes are produced and reviewed. monocle 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/monocl/monocle

1. 项目的目录结构及介绍

Monocle 项目的目录结构如下:

monocle/
├── bin/
│   ├── monocle
│   └── monocle.bat
├── config/
│   ├── default.yaml
│   └── production.yaml
├── docs/
│   ├── README.md
│   └── ...
├── src/
│   ├── main.py
│   └── ...
├── tests/
│   ├── test_main.py
│   └── ...
├── .gitignore
├── LICENSE
├── README.md
└── requirements.txt

目录结构介绍

  • bin/: 包含项目的可执行文件,monocle 是 Unix 系统下的启动脚本,monocle.bat 是 Windows 系统下的启动脚本。
  • config/: 包含项目的配置文件,default.yaml 是默认配置文件,production.yaml 是生产环境配置文件。
  • docs/: 包含项目的文档文件,README.md 是项目的主要说明文档。
  • src/: 包含项目的源代码,main.py 是项目的入口文件。
  • tests/: 包含项目的测试代码,test_main.py 是测试入口文件。
  • .gitignore: 指定 Git 版本控制系统忽略的文件和目录。
  • LICENSE: 项目的开源许可证文件。
  • README.md: 项目的主要说明文档。
  • requirements.txt: 项目依赖的 Python 包列表。

2. 项目的启动文件介绍

Monocle 项目的启动文件位于 bin/ 目录下,分别是 monoclemonocle.bat

Unix 系统启动文件 (monocle)

#!/bin/sh
exec python3 -m src.main "$@"

该脚本使用 Python 3 运行 src/main.py 文件,"$@" 表示传递所有命令行参数。

Windows 系统启动文件 (monocle.bat)

@echo off
python -m src.main %*

该脚本使用 Python 运行 src/main.py 文件,%* 表示传递所有命令行参数。

3. 项目的配置文件介绍

Monocle 项目的配置文件位于 config/ 目录下,分别是 default.yamlproduction.yaml

默认配置文件 (default.yaml)

# 默认配置文件
database:
  host: localhost
  port: 5432
  name: monocle_db
  user: monocle_user
  password: monocle_password

logging:
  level: INFO
  file: logs/monocle.log

该配置文件定义了数据库连接信息和日志记录级别。

生产环境配置文件 (production.yaml)

# 生产环境配置文件
database:
  host: production_db_host
  port: 5432
  name: monocle_production_db
  user: monocle_production_user
  password: production_password

logging:
  level: WARNING
  file: logs/monocle_production.log

该配置文件定义了生产环境下的数据库连接信息和日志记录级别。

通过以上配置文件,用户可以根据不同的环境需求进行配置,确保项目在不同环境下的正常运行。

monocle Monocle helps teams and individual to better organize daily duties and to detect anomalies in the way changes are produced and reviewed. monocle 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/monocl/monocle

monocle3的安装教程可以按照以下步骤进行操作: 1. 首先,在R中安装`devtools`包,它是用于从GitHub安装R包的工具。你可以使用以下命令安装它:`install.packages("devtools")`。 2. 接下来,安装`leidenbase`包,这是`monocle3`所依赖的包。你可以使用以下命令从GitHub安装它:`devtools::install_github('cole-trapnell-lab/leidenbase')`。请确保在安装之前已经安装了`devtools`包。 3. 安装`monocle3`包。你可以使用以下命令从GitHub安装它:`devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3')`。请确保在安装之前已经安装了`devtools`包和`leidenbase`包。 4. 配置`BiocManager`。你可以使用以下命令安装`BiocManager`包:`if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")`。然后,使用以下命令安装`BiocManager`的3.10版本:`BiocManager::install(version = "3.10")`。 完成以上步骤后,你就成功安装了`monocle3`包,并可以开始使用它进行单细胞分析了。希望这些步骤对你有帮助!<span class="em">1</span><span class="em">2</span><span class="em">3</span> #### 引用[.reference_title] - *1* *2* *3* [单细胞分析R包monocle3服务器安装教程](https://blog.csdn.net/qq_36608036/article/details/105712165)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v93^chatsearchT3_2"}}] [.reference_item style="max-width: 100%"] [ .reference_list ]
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