wgbstools：DNA甲基化测序数据处理与分析的利器

wgbstools：DNA甲基化测序数据处理与分析的利器

wgbs_tools tools for working with Bisulfite Sequencing data while preserving reads intrinsic dependencies 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/wg/wgbs_tools

项目介绍

wgbstools 是一款专为亚硫酸氢盐测序数据设计的高效计算工具集。它不仅能够快速访问和压缩高吞吐量数据，还提供了从片段级到位点特异性数据的机器学习、统计分析以及丰富的可视化功能。通过将标准格式（如bam、bed）转换为定制的紧凑格式（如pat、beta），wgbstools使得数据处理更加直观和高效。

项目技术分析

wgbstools的核心技术在于其对DNA甲基化数据的紧凑表示和高效处理。它利用了多种数据格式转换技术，将原始测序数据转换为易于分析和可视化的格式。此外，wgbstools还集成了多种机器学习和统计分析工具，使得用户可以轻松进行复杂的数据分析任务。

主要技术点：

• 数据格式转换：支持从bam、bed等标准格式转换为pat、beta等定制格式。
• 高效数据访问：通过压缩技术，实现对大规模数据的高效访问。
• 可视化工具：提供终端内的数据可视化功能，支持热图等多种可视化方式。
• 机器学习与统计分析：内置多种分析工具，支持从简单统计到复杂模型的构建。

项目及技术应用场景

wgbstools适用于多种DNA甲基化测序数据的处理和分析场景，包括但不限于：

• 生物信息学研究：用于处理和分析大规模的DNA甲基化测序数据。
• 临床研究：支持从临床样本中提取和分析DNA甲基化数据，辅助疾病诊断和治疗。
• 教育与培训：作为教学工具，帮助学生和研究人员理解DNA甲基化数据处理的基本原理和方法。

项目特点

• 高效性：通过数据压缩和高效访问技术，显著提升数据处理速度。
• 多功能性：集成了数据转换、可视化、机器学习和统计分析等多种功能。
• 易用性：提供简单易懂的命令行接口，用户可以快速上手。
• 定制化：支持多种数据格式的转换和定制化分析，满足不同用户的需求。

快速开始

安装

# 克隆仓库
git clone https://github.com/nloyfer/wgbs_tools.git
cd wgbs_tools

# 编译
python setup.py

配置参考基因组

至少需要配置一个参考基因组（耗时几分钟）。

wgbstools init_genome GENOME_NAME
# 例如
wgbstools init_genome hg19
wgbstools init_genome mm9

wgbstools会从UCSC网站下载所需的参考FASTA文件。如果用户有自己的参考FASTA文件，可以通过以下方式指定路径：

wgbstools init_genome GENOME_NAME --fasta_path /path/to/genome.fa

依赖项

• Python 3+，需要以下库：
  • pandas 1.0+
  • numpy
  • scipy
• samtools
• tabix / bgzip

部分功能需要额外依赖：

• bedtools

使用示例

现在可以从bam文件生成pat.gz和beta文件：

wgbstools bam2pat Sigmoid_Colon_STL003.bam
# 输出:
# Sigmoid_Colon_STL003.pat.gz
# Sigmoid_Colon_STL003.beta

生成pat和beta文件后，可以使用wgbstools进行可视化。例如：

wgbstools vis Sigmoid_Colon_STL003.pat.gz -r chr3:119528843-119529245

wgbstools vis *.beta -r chr3:119528843-119529245 --heatmap

参考文献

如果使用wgbstools，请引用：

Loyfer et al. (2024) ‘wgbstools: A computational suite for DNA methylation sequencing data representation, visualization, and analysis’, bioRxiv ,2024.

[GEO GSE186458 | Genome browser sessions: hg19 | hg38]

wgbs_tools tools for working with Bisulfite Sequencing data while preserving reads intrinsic dependencies 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/wg/wgbs_tools