nf-core/methylseq 项目使用教程

nf-core/methylseq 项目使用教程

methylseqMethylation (Bisulfite-Sequencing) analysis pipeline using Bismark or bwa-meth + MethylDackel项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/me/methylseq

1. 项目的目录结构及介绍

nf-core/methylseq 项目的目录结构如下：

nf-core/methylseq/
├── assets
├── bin
├── conf
├── docs
├── environment.yml
├── lib
├── main.nf
├── nextflow.config
├── README.md
└── tests

目录结构介绍

• assets: 包含项目的静态资源文件。
• bin: 包含可执行脚本文件。
• conf: 包含配置文件。
• docs: 包含项目的文档文件。
• environment.yml: 描述项目依赖的环境。
• lib: 包含项目的库文件。
• main.nf: 项目的主启动文件。
• nextflow.config: 项目的配置文件。
• README.md: 项目的说明文档。
• tests: 包含项目的测试文件。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件是 main.nf，它包含了项目的核心逻辑和流程定义。以下是 main.nf 的部分内容示例：

nextflow.enable.dsl = 2

include { BISMARK_ALIGN; BISMARK_METHC; BISMARK_METHR; BISMARK_METHX; BISMARK_BISULFITE; BISMARK_GENOME_PREPARATION } from './modules/bismark.nf'

workflow {
    BISMARK_GENOME_PREPARATION(params.genome)
    BISMARK_ALIGN(params.reads)
    BISMARK_METHC(params.reads)
    BISMARK_METHR(params.reads)
    BISMARK_METHX(params.reads)
    BISMARK_BISULFITE(params.reads)
}

启动文件介绍

• nextflow.enable.dsl = 2: 启用 Nextflow DSL 2。
• include: 引入模块文件。
• workflow: 定义工作流程。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件是 nextflow.config，它包含了项目的各种配置参数。以下是 nextflow.config 的部分内容示例：

params {
    genome = 'path/to/genome'
    reads = 'path/to/reads'
    outdir = 'results'
}

process {
    withName: BISMARK_ALIGN {
        cpus = 4
        memory = '16 GB'
    }
}

executor {
    name = 'local'
}

配置文件介绍

• params: 定义参数。
• process: 定义进程的资源配置。
• executor: 定义执行器类型。

以上是 nf-core/methylseq 项目的基本使用教程，涵盖了项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望对您有所帮助。

methylseqMethylation (Bisulfite-Sequencing) analysis pipeline using Bismark or bwa-meth + MethylDackel项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/me/methylseq