BEHRT 项目使用教程

BEHRT 项目使用教程

BEHRTCode for BEHRT: Transformer for Electronic Health Records项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/be/BEHRT

1. 项目的目录结构及介绍

BEHRT 项目的目录结构如下：

BEHRT/
├── data/
│   ├── processed/
│   └── raw/
├── models/
├── notebooks/
├── scripts/
├── tests/
├── .gitignore
├── README.md
├── requirements.txt
├── setup.py
└── main.py

目录介绍

• data/: 存放数据文件，包括原始数据 (raw/) 和处理后的数据 (processed/)。
• models/: 存放训练好的模型文件。
• notebooks/: 存放 Jupyter Notebook 文件，用于数据分析和模型测试。
• scripts/: 存放用于数据处理和模型训练的脚本。
• tests/: 存放测试脚本，用于确保代码的正确性。
• .gitignore: 指定 Git 版本控制系统忽略的文件和目录。
• README.md: 项目说明文档。
• requirements.txt: 列出项目依赖的 Python 包。
• setup.py: 用于安装项目的脚本。
• main.py: 项目的启动文件。

2. 项目的启动文件介绍

main.py 是 BEHRT 项目的启动文件，负责初始化配置、加载数据、训练模型和评估模型。以下是 main.py 的主要功能：

import argparse
from models import BEHRT
from data import DataLoader
from trainer import Trainer

def main():
    parser = argparse.ArgumentParser(description="BEHRT Model Training")
    parser.add_argument("--config", type=str, required=True, help="Path to the configuration file")
    args = parser.parse_args()

    config = load_config(args.config)
    data_loader = DataLoader(config)
    model = BEHRT(config)
    trainer = Trainer(model, data_loader, config)
    trainer.train()

if __name__ == "__main__":
    main()

主要功能介绍

• argparse: 解析命令行参数，其中 --config 参数指定配置文件的路径。
• load_config: 加载配置文件。
• DataLoader: 数据加载器，负责加载和预处理数据。
• BEHRT: 模型类，定义了 BEHRT 模型的结构。
• Trainer: 训练器类，负责模型的训练和评估。

3. 项目的配置文件介绍

配置文件通常是一个 JSON 或 YAML 文件，用于定义模型的超参数、数据路径和其他配置项。以下是一个示例配置文件的内容：

{
    "data_path": "data/processed/",
    "model_path": "models/",
    "batch_size": 32,
    "learning_rate": 0.001,
    "num_epochs": 50,
    "hidden_size": 256,
    "num_layers": 4,
    "num_heads": 8,
    "dropout": 0.1
}

配置项介绍

• data_path: 处理后的数据路径。
• model_path: 模型保存路径。
• batch_size: 批处理大小。
• learning_rate: 学习率。
• num_epochs: 训练轮数。
• hidden_size: 隐藏层大小。
• num_layers: 模型层数。
• num_heads: 注意力头数。
• dropout: dropout 比例。

通过以上配置文件，可以灵活地调整模型的训练参数，以适应不同的数据集和任务需求。

BEHRTCode for BEHRT: Transformer for Electronic Health Records项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/be/BEHRT