AWS Batch 基因组分析项目教程

AWS Batch 基因组分析项目教程

aws-batch-genomicsSoftware sets up and runs an genome sequencing analysis workflow using AWS Batch and AWS Step Functions. 项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/aw/aws-batch-genomics

1. 项目的目录结构及介绍

aws-batch-genomics/
├── pipeline/
│   ├── tools/
│   └── ...
├── .gitignore
├── LICENSE
├── README.md
├── setup.sh
├── teardown.sh
├── template_cfn.yml
└── update.sh

• pipeline/: 包含项目的主要工具和脚本。
• .gitignore: 指定Git版本控制系统忽略的文件和目录。
• LICENSE: 项目的许可证文件。
• README.md: 项目的基本介绍和使用说明。
• setup.sh: 用于启动项目的脚本。
• teardown.sh: 用于关闭项目的脚本。
• template_cfn.yml: 项目的CloudFormation模板文件。
• update.sh: 用于更新项目的脚本。

2. 项目的启动文件介绍

setup.sh

setup.sh 是一个用于启动项目的脚本。它负责配置和部署项目所需的AWS资源。具体步骤包括：

• 配置AWS Batch环境。
• 部署CloudFormation模板。
• 初始化项目所需的资源。

使用方法：

./setup.sh

3. 项目的配置文件介绍

template_cfn.yml

template_cfn.yml 是一个CloudFormation模板文件，用于定义和配置AWS资源。它包含以下主要部分：

• Resources: 定义了AWS Batch、S3存储桶、IAM角色等资源。
• Parameters: 定义了模板的可配置参数，如环境名称、实例类型等。
• Outputs: 定义了模板输出的值，如Batch作业队列的ARN。

使用方法：

aws cloudformation deploy --template-file template_cfn.yml --stack-name my-genomics-stack --capabilities CAPABILITY_NAMED_IAM

通过以上步骤，您可以成功启动和配置AWS Batch基因组分析项目。

aws-batch-genomicsSoftware sets up and runs an genome sequencing analysis workflow using AWS Batch and AWS Step Functions. 项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/aw/aws-batch-genomics