VirSorter2 使用教程

VirSorter2 使用教程

VirSorter2customizable pipeline to identify viral sequences from (meta)genomic data项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/vi/VirSorter2

项目介绍

VirSorter2 是一个用于从宏基因组数据中识别病毒序列的工具。它基于机器学习算法，能够有效地从复杂的微生物群落中区分出病毒序列。VirSorter2 是 VirSorter 的升级版本，提供了更高的准确性和更快的处理速度。

项目快速启动

安装

首先，确保你已经安装了 Conda。然后，使用以下命令安装 VirSorter2：

conda create -n virsorter2 -c conda-forge -c bioconda virsorter2
conda activate virsorter2

运行示例

下载示例数据：

wget https://zenodo.org/record/4551807/files/VIRSorter_sample.fasta

运行 VirSorter2：

virsorter setup -d db -j 4
virsorter run -w output -i VIRSorter_sample.fasta --include-groups dsDNAphage,NCLDV,ssDNA --min-length 1500

应用案例和最佳实践

应用案例

VirSorter2 已被广泛应用于环境微生物学、海洋生物学和临床研究中。例如，一项研究使用 VirSorter2 从海洋宏基因组数据中识别了大量未知的病毒序列，这些序列对于理解海洋生态系统的病毒多样性至关重要。

最佳实践

• 数据预处理：确保输入的宏基因组数据已经过质量控制和去冗余处理。
• 参数调整：根据具体的研究需求调整 --include-groups 和 --min-length 等参数。
• 结果验证：使用其他病毒鉴定工具或实验方法验证 VirSorter2 的输出结果。

典型生态项目

VirSorter2 通常与其他宏基因组分析工具一起使用，形成一个完整的生态分析流程。以下是一些典型的生态项目：

• MetaPhlAn：用于宏基因组物种分类。
• HUMAnN：用于宏基因组功能注释。
• CheckV：用于病毒基因组质量评估。

这些工具可以与 VirSorter2 结合使用，共同揭示微生物群落中的病毒组成和功能。

VirSorter2customizable pipeline to identify viral sequences from (meta)genomic data项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/vi/VirSorter2