bio_embeddings 项目使用教程

bio_embeddings 项目使用教程

bio_embeddingsGet protein embeddings from protein sequences项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/bi/bio_embeddings

目录结构及介绍

bio_embeddings 项目的目录结构如下：

bio_embeddings/
├── examples/
│   ├── docker/
│   └── notebooks/
├── bio_embeddings/
│   ├── __init__.py
│   ├── embed.py
│   ├── extract.py
│   ├── project.py
│   ├── utilities.py
│   └── visualize.py
├── tests/
├── .gitignore
├── LICENSE
├── README.md
├── setup.py
└── requirements.txt

• examples/: 包含使用示例，特别是 Docker 和 Jupyter Notebook 示例。
• bio_embeddings/: 核心代码目录，包含各个功能模块的实现。
• tests/: 测试代码目录。
• .gitignore: Git 忽略文件配置。
• LICENSE: 项目许可证。
• README.md: 项目说明文档。
• setup.py: 项目安装脚本。
• requirements.txt: 项目依赖列表。

项目的启动文件介绍

项目的启动文件主要是 bio_embeddings/embed.py，它负责蛋白质序列的嵌入生成。可以通过以下方式使用：

bio_embeddings embed config.yml

其中 config.yml 是配置文件，定义了嵌入生成的具体参数。

项目的配置文件介绍

配置文件 config.yml 是一个 YAML 文件，用于定义嵌入生成的参数。一个基本的配置文件示例如下：

embedder: SeqVecEmbedder
input_file: input.fasta
output_dir: output

• embedder: 指定使用的嵌入器，如 SeqVecEmbedder。
• input_file: 输入文件路径，通常是一个 FASTA 格式的蛋白质序列文件。
• output_dir: 输出目录路径，用于存储生成的嵌入结果。

配置文件的具体参数和格式可以参考项目提供的示例文件和文档。

以上是 bio_embeddings 项目的基本使用教程，涵盖了项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望这些信息能帮助你更好地理解和使用该项目。

bio_embeddingsGet protein embeddings from protein sequences项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/bi/bio_embeddings