Strelka 开源项目安装与使用指南

Strelka 开源项目安装与使用指南

strelkaStrelka2 germline and somatic small variant caller项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/str/strelka

Strelka 是一个用于基因组变异检测的工具，专注于检测遗传性和体细胞的小型变异，包括SNPs和Indels。此外，还有一个同名的系统，旨在企业级规模下执行文件提取和元数据收集，主要用于威胁狩猎、威胁检测和事件响应。本指南基于 Illumina/strelka 和 target/strelka 的开源项目资料，重点介绍生物信息学方面（Strelka2）的项目结构、启动文件以及配置文件的相关信息。

1. 项目目录结构及介绍

Strelka2 目录结构 (生物信息学版本)

对于Strelka2而言，虽然具体的目录结构在不同版本中可能会有细微差异，但一般包括以下核心部分：

• src: 包含C++源代码，这是Strelka的主要算法实现部分。
• python: 存放Python脚本或接口，用于辅助数据分析或交互操作。
• docs: 可能含有项目文档，帮助文件等。
• test: 测试用例和相关数据，用于开发阶段验证代码功能。
• scripts: 启动和管理Strelka流程的脚本，包括数据分析的管道指令。

Strelka 系统安全扫描器目录结构 (目标公司版本)

• cmd: 包含Go语言编写的可执行命令行程序，如服务器和客户端组件。
• config: 提供示例配置文件，用于设置Strelka的行为。
• lib: 库文件和跨平台支持的代码集合。
• rules: 可能存放YARA规则，用于文件分析的匹配逻辑。
• scanners: 不同类型的文件扫描器模块，实现具体文件类型的分析逻辑。

2. 项目的启动文件介绍

Strelka2 启动

Strelka2通常通过其提供的脚本或者直接调用其分析工具进行启动。例如，执行分析可能涉及运行特定的Python脚本或二进制命令，并指定输入BAM文件和参考基因组等参数。

Strelka 文件扫描系统启动

对于安全扫描版本的Strelka，启动过程涉及到容器化部署。首先，确保Docker和Docker Compose已正确安装。接着，可以通过克隆仓库并使用提供的Docker Compose文件来启动整个系统。基本步骤如下：

git clone https://github.com/target/strelka.git
cd strelka
docker-compose up

这将启动包含服务器和服务的所有必需容器。

3. 项目的配置文件介绍

Strelka2 配置

Strelka2的配置通常涉及到多个参数文件，包括但不限于.params文件，它定义了分析中的关键参数，比如质量阈值、窗口大小等。这些配置文件允许用户定制化的调整以适应不同的实验设计和数据特性。

Strelka 安全扫描配置

对于目标公司的Strelka系统，配置文件可能位于config目录下，提供对扫描行为、存储位置、日志记录等的细致控制。用户可以编辑这些配置文件来调整扫描策略、YARA规则路径等，以满足特定的安全需求。

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请注意，实际操作时应详细查阅最新的官方文档，因为项目更新可能会带来结构或流程的变化。本指南仅提供了一个大致框架和指导思路。

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