SCTransform 使用指南

SCTransform 使用指南

sctransformR package for modeling single cell UMI expression data using regularized negative binomial regression项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/sc/sctransform

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项目介绍

SCTransform 是由 Satija 实验室开发的一个开源工具，专注于单细胞转录组数据的预处理和变换。通过结合表达值标准化、方差稳定变换以及线性模型拟合，SCTransform 提供了一种有效的方法来准备单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）数据，使其更适合下游分析，特别是用于机器学习和统计建模。此工具是Seurat包的一部分，但也可以独立使用，极大地促进了数据分析的效率和质量。

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项目快速启动

要迅速开始使用 SCTransform，首先确保您的环境已安装必要的 R 包和生物信息学软件。以下是基本步骤：

安装 Seurat 包含 SCTransform 的版本

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("Seurat")

library(Seurat)

示例数据加载与转换

假设您已经有一个名为 adata 的 AnnData 对象或者直接从文件中读取 scRNA-seq 数据，可以使用以下命令进行转换：

# 假定您已经有了一个 Seurat 对象，例如 'your_seurat_object'
your_seurat_object <- CreateSeuratObject(counts = your_counts_matrix, project = "YourProjectName")

# 应用 SCTransform
sct_obj <- SCTransform(your_seurat_object, vars.to.regress = c("percent.mito"), verbose = FALSE)

# 访问或保存转换后的数据
normalized_data <- as.data.frame(GetAssayData(sct_obj, assay = "SCT"))

注意：vars.to.regress 参数允许您指定哪些变量在变换过程中作为回归变量，此处示例中使用了百分比线粒体基因表达量。

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应用案例和最佳实践

案例：单细胞数据降维与聚类

在使用 SCTransform 后，通常紧接着进行数据的降维分析，例如PCA和UMAP，以发现细胞群结构。

# 添加PCA
sct_obj <- RunPCA(sct_obj, nfeatures = 2000)

# 可视化降维结果
DimPlot(sct_obj, reduction = "umap")

最佳实践：

• 在进行 SCTransform 之前，进行数据的质量控制是非常重要的。
• 选择合理的 vars.to.regress 来去除潜在的技术噪音。
• 分析前检查数据分布，确保没有极端异常值影响分析。

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典型生态项目

SCTransform 被广泛应用于生物学研究，特别是在比较不同条件下细胞状态变化的研究中。例如，在免疫学研究中，研究者可能会使用 SCTransform 来分析不同疾病状态下T细胞亚群的变化，或者是癌症研究中肿瘤微环境中细胞类型的变化识别。由于其高效的数据标准化和降噪能力，SCTransform已成为单细胞数据分析管线中的关键工具之一，促进了许多关于细胞异质性和细胞状态转变的生物学发现。

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以上即是关于如何开始使用 SCTransform 的简明指南，更多高级功能和定制化选项请参考官方文档和Seurat包的详细说明。

sctransformR package for modeling single cell UMI expression data using regularized negative binomial regression项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/sc/sctransform